Dr. Bahattin Şahin II. Meşrutiyet döneminde, mebus veya nazır unvanı taşımamış olmakla birlikte, İttihat ve Terakki`nin Katibi Mesul`lerinden biri olarak devrin öndegelen siyasetçileri arasında yer almıştır. İttihat ve Terakki içindeki ünlü "Doktorlar grubu"nun üç önemli isminden birisi olmuş, Cemiyet`in Türkçü-Turancı kanadında yer almış, bir ideolog olmaktan çok teşkilatçı kimliğiyle ön plana çıkmıştır. Ayrıca, Teşkilatı Mahsusa`nın kurucularından ve siyasi bölüm şefidir.
1874`te İstanbul`da doğan Bahattin Şakir, Askeri Tıbbiye`yi 1896`da tabip yüzbaşı olarak bitirdi. 1900`de aynı okulun tıbbi kanuni muallim muavinliğine getirildi. Bu görevine ek olarak Şehzade Yusuf İzzettin Efendi`nin özel hekimliğini de yapıyordu. Bu arada Ahmed Celalettin Paşa`nın maiyetine girdi. Ahmet Rıza ve İttihat ve Terakki Cemiyeti ileri gelenleri ile ilişki kurdu. Ahmed Celalettin Paşa`nın muhalefete katılmasından sonra İttihatçilerle ilişkili olmasından ve meşrutiyeti savunuyor olmasından dolayı Erzincan`a sürgüne gönderildi. Cemiyete gönderdiği yardımın ortaya çıkması üzerine tutuklandı, ardından da Trabzon`a sürüldü. 1905`te Mısır`a, oradan da Paris`e kaçtı. Paris`te ve bir ara gizlice geldiği İstanbul`da İttihat ve Terakki Cemiyeti`nin çalışmalarının canlandırılmasında Ahmet Rıza ile birlikte etkin rol oynadı. 1908`de II. Meşrutiyet`in ilanından sonra İstanbul`a ve Askeri Tıbbiye`deki eski görevine döndü. Daha önce Kahire ve Paris`te çıkan Şura-yı Ümmet Gazetesinin yayımını İstanbul`da sürdürdü. Bu arada "Ali Kemal Davası" ve "Kanuni Esasimizi İhlal Edenler" adlarıyla imzasız olarak yayımladığı kitaplarında karşıtlarını sert bir dille eleştirdi. 1909`da askeri ve sivil tıbbiyelerin birleştirilmesi ile kurulan Haydarpaşa Tıp Fakültesi`nde adli tıp müderrisi oldu. Ertesi yıl tıp fakültesi ikinci reisliğine seçildi. Balkan Savaşında Edirne`nin Bulgarlar tarafından kuşatılması sırasında oradaki hastanede başhekim olarak çalıştı (1912). Edirne`nin işgali üzerine tutsak düştüyse de bir süre sonra serbest bırakıldı. 1913`te Teşkilatı Mahsusa`nın siyasi bölüm şefliğine getirildi. Aynı yıl Sıhhiye Müdüriyet-i Umumiyesi`ne bağlı olarak kurulan Tababet-i Adliye Müdürlüğü`ne ve Tababet-i Adliye Encümeni reisliğine getirildi. 1. Dünya Savaşı yıllarında Erzincan ve yöresinde Teşkilat-ı Mahsusa yöneticisi olarak görev yaptı ve Ermeni Tehciri içinde etkin rol oynadı. Mondros Mütarekesi`yle birlikte savaş suçlusu ilan edilince 2 Kasım 1918`de Enver Paşa ve Talat Paşa ile birlikte bir Alman savaş gemisiyle Sivastopol üzerinden Berlin`e kaçtı. Eylül 1920`de Bakü`de toplanan Doğu Halkları Kurultayı`na katıldı. 1920`de İslam İhtilal Cemiyetleri İttihadı`nın Bakü temsilcisi oldu. 1921 ilkbaharında bu örgütün Moskova`da yapılan kongresine katıldıktan sonra Almanya`ya döndü. 17 Nisan 1922 günü Berlin`de Cemal Azmi Bey ile birlikte Ermeni suikastçiler tarafından öldürülmüştür.
Salih Bozok`un hatıralarında Bahattin Şakir
8 Aralık 1915`de Ali Fethi Okyar, Dr. Bahattin Şakir ve Dr. Tevfik Rüştü Aras Beyler akşam Mustafa Kemal`in misafiri olarak Anafartalar Grubu Karargahı`na geldiler. Ertesi gün, Mustafa Kemal Paşa`nın aldığı hava değişimi izni üzerine Anafartalar Grubu Komutan Vekilliğine atanan Fevzi Çakmak Paşa da Anafartalar Grubu Karargahı`na geldi. 10 Aralık 1915 günü Mustafa Kemal -ve beraberinde misafirleri Fethi Okyar, Bahattin Şakir ve Tevfik Rüştü Aras Bey`ler- Çanakkale`den İstanbul`a hareket ettiler. 11 Aralık 1915 İstanbul`a geldiler. Paşa; "Ben düşmanın çekileceğini anladığım için bir taarruz yapılmasını teklif etmiştim. Fakat benim bu teklifimi kabul etmediler. Bundan dolayı canım sıkıldı. Çok da yorgun olduğum için izin alarak İstanbul`a geldim. Eğer ben orada iken düşman şimdiki gibi çekilmiş olsaydı, herhalde daha çok sıkılacaktım. Burada bulunmaklığım benim için bir talih eseridir." demekteydi.Hüseyin Cahit Yalçın`ın hatıralarında Bahattin Şakir
`Tehcir işinde Bahattin Şakir`in rolü nedir` En hususi toplantılarımızda bile bu mesele tasrih edilmemiştir, aydınlanmamıştır. Açık, kati bir kanaatim yok, fakat başka meseleler konuşulurken, ağızdan çıkmış bir kelimeden, sızmış bir fikirden, zapt edilememiş jestlerden, hasılı gözle görülmeyen, fakat insanda bir şüphe uyandıran ince ve hafif delillerden, bende kuvvetle peyda olan zanna göre, tehcir işinin en büyük amili ve haliki odur. Yalnız başına Şark vilayetlerini dolaşarak zemin hazırladığını, esası kararlaştırdığını ve şahsi kanaatlerini tatbike çalışırken, haiz olduğu mevki dolayısıyla, emirlerinin Merkezi Umumi ve hükümet emirleri diye telakki olunduğunu ve nihayet hükümetteki bazı nafiz arkadaşlarını da sürüklediğini kuvvetle zannediyorum. Onun için, bir gün Bahattin Şakir`in hatırasını ihya etmek lazım gelirse, onun heykeline Şark vilayetleri göğüslerini minnetle açacaklardır.`Tanıdıklarım (Hüseyin Cahit Yalçın)