840'de Göçebe Uygur Kağanlığı Kırgız baskınından sonra Ngo-nie Tegin'in Altay Dağları'nı aşarak Beşbalık, Turfan yöresine taşıdığı Uygurlar buraya yerleştiler ve Kırgızlar'ın öldürdüğü son kağanlarının yeğeni Mengli'yi 856'da kağan ilan ettiler.
Uzun zamandır Tibet baskısı altında yaşayan Çin imparatoru dengeleyici güç olarak tasarladığı bu devleti-kendisine bağlı olması koşuluyla da olsa- hemen tanıdı ve Uygurlar'ın Tarım havzasının öteki ucuna (Kaşgar'a) kadar yayılmasına ses çıkarmadı.
911'de soydaşları Kansu Uygurları sayesinde bağımsızlıklarını kazanan Turfan Uygurları siyasal olarak etkili bir güç olamadılarsa da Maniheizm dininin de etkisiyle yerleşik hale geçtiler ve başlıcaları Turfan, Kaşgar, Beşbalık, Kuça, Hami olan şehirlerinde önemli bir "uygarlık" yarattılar.
Çin Hanedanlığı, Karahoca Uygur Krallığını tanır ve hatta Wang Yen De isminde bir büyükelçiyi bu ülkeye gönderir. O üç yıl bu ülkede kalır.Gabain, Das Leben im uigurischen Königreich von Qocho, Wiesbaden 1973, sayfa 19.
12.yüzyıldan itibaren Kara Hıtaylar'a bağlı olan Doğu Türkistan Uygurları, 1209'da Cengiz Han'a bağlandı. Bu sırada başlarında İduk-kut Barçuk Art-Tegin bulunuyordu. Moğol idaresinde çok önemli devlet görevlerine getirilen Turfan Uygur Devleti 1368'de tekrar Çin hakimiyetine girene dek yarı bağımsız yaşadılar.