Taklamakan Çölünün batısında Tienşan Dağlarının eteklerinde yer alan Kaşgar deniz seviyesinden 1290 m yükseklikte kurulmuştur. Şehrin kuruluşu tarihi Han Hanedanlığı dönmine kadar uzanmaktadır. Şehirde ilk hüküm süren Müslüman Türk hükümdarı Karahanlılar'dan Abdülkerim Satuk Buğra Han'dır.
Kaşgar Karahanlılar zamanında tarım havzasının en önemli kültür merkezi haline geldi. Yusuf Has Hacib ünlü eseri Kutadgu Bilig'i bu şehirde yazdı. Divan-ı Lügati't-Türk'ün yazarı Mahmud 'da Kaşgar'da doğdu. ŞehirMelikşah zamanında Büyük Selçuklu idaresine girdi. Büyük Selçuklulardan sonra Karhıtayların idaresine giren şehir 1218'de Moğolların eline geçti. Kaşgar 1399'da Timurlular Devleti'nin idaresine girdi. Timur Ankara Savaşı'ndan sonra Anadolu'dan getirdiği Kara Tatarların bir bölümünü Kaşgar'a yerleştirdi.
Kaşgar 1759'da Çin'lilerin eline geçti. Bu tarihten sonra bölgede yaşayan Müslümanlar Çin idaresine karşı mücadele başlattılar. Yakup Han Bölgede bağımsız bir devlet kurdu ve 1872'den itibaren ülkesinde Osmanlı Sultanı Abdülaziz adına hutbe okutmaya başladı. Yakup Han'ın ölümünden sonra Çin tekrar Kaşgar'ı ele geçirdi. Çin yönetimi 1884'te bölgede Sincan vilayetini kurdu. 1949 yılında Çin Halk Cumhuriyeti'nin kurulmasından sonra 1955' te Sincan Uygur Özerk Bölgesi kuruldu.
Kaşgar'ın nüfusu 200.000'in üzerindedir. şehrin nüfusunun büyük bir bölümünü müslümanlar oluşturur. Şehirdeki en kalabalık etnik grup Uygurlar'dır. Çin'de 1960 yılında başlayan kültür ihtilali sırasında şehirde bulunan cami ve mescidlerin önemli bir bölümü yıkıldı. Günümüzde şehirde kültür ihtilali sırasındaki yıkımdan kurtulan 100 civarında mescid ve cami bulunmaktadır. Iydgah Camii, Afak Hoca Camii ve Türbesi Döng Mescidi Kaşgarlı Mahmud Türbesi ve Yusuf Has Hacib Türbesi şehrin en önde gelen tarihi eserleri arasındadır.
