Şura-yı Askeri üyesi Afyonlu Kabaağaçlızade Mustafa Asım Bey`in oğludur. İlk öğrenimini Bursa ve İstanbul`da yaptıktan sonra Harbiye`ye girdi. 1869`da mezuniyetinden sonra Erkan-ı Harbiye`ye alındı ve buradan da birincilikle mezun oldu. Kısa zamanda terfi görerek önce kolağası ve o sıralarda yazdığı El-Ma`lumatü`l-Kafiye fi Ahval-il-Memalik-il-Osmaniyye adlı eserini padişaha takdim ile binbaşı oldu. 93 Harbi nde Tuna ordusuna gönderilen Cevat Şakir Paşa, önce başkumandan Süleyman Paşa`nın yaverliğinde, sonra kaymakam (yarbay) rütbesiyle Necip Paşa fırkasının Erkan-ı Harbiye reisliğinde (kurmay başkanlığı) bulundu. 27 yaşındayken miralay lığa terfi ederek Peyker Paşa kolordusunun Erkan-ı Harbiye reisliğine getirildi. Harpten sonra 1878 Berlin Antlaşması hükümlerinin uygulanmasında görevlendirildi. 1884`te Çetine (Karadağ) elçiliğine tayin edilerek rütbesi mirliva lığa (tuğgeneral) yükseltildi. Burada iki yıl kalan Cevat Şakir Paşa rahatsızlığı sebebiyle Viyana`ya gitmek için izin istedi ise de, İstanbul`a gelmesi emrolundu.
Sultan II. Abdülhamit`in dikkatini çeken ve takdirini kazanan Cevat Şakir Paşa, dönüşünden sonra İstanbul`da Teftiş-i Askeri Komisyonu üyeliğine getirildi. Girit`teki karışıklıklar üzerine Girit fevkalade kumandanlık ve vali vekilliğine tayin edildi. Adadaki Müslüman ve Hristiyan ahaliye iyi idaresi ile kendini sevdirerek belli bir uzlaşma ve ahenk ortamı tesis eden Cevat Şakir Paşa hizmetine karşılık 40 yaşında müşir liğe (orgeneral) yükseltildi. 1891`de de değerini takdir eden padişah tarafından sadrazamlığa getirildi (1891).
Cevat Şakir Paşa`nın 3 yılı aşkın sadrazamlığı esnasında takip ettiği siyaset dahilde ve hariçte barışın muhafazası oldu. Sadrazamlığının en önemli konusu Ermeni sorunu olmuştu. Cevat Şakir Paşa, konusuna hakim ve ülke menfaatlerine müdrik bir devlet adamı sıfatıyla, sert fakat adilane kararlar aldı. 1894`de sadrazamlıktan alınarak Nişantaşı`ndaki evinde ikamete mecbur edildi. Bu sırada Girit`te yeniden karışıklıkların çıkması üzerine Girit Fırka-i Askeriye kumandanlığına tayin edilerek 1897`de adaya gönderildi.
Girit`te Avrupa devletleri tarafından özel bir yönetim tarzının empoze edileceği anlaşılıp, bu arada da Almanya İmparatoru Kayzer II. Wilhelm`in nun Suriye ve Filistin`e seyahat yapması kesinleşince, Cevat Şakir Paşa Kayzer`in mihmandarlığına getirildi. Ancak imparatorla görüşmesinden sonra karargahı Şam`da bulunan 5. Ordu Kumandanlığına tayin edildi. Burada rahatsızlanan Cevat Şakir Paşa, doktorların verdiği raporla İstanbul`a geldi ve 1900`de vefat etti. Fatih`de Buharalı Emir Ahmet türbesi karşısında inşa edilen özel bir türbede gömülüdür.
Cevat Şakir Paşa, aydın, bilgili ve dürüst bir devlet adamıydı. Arapça, Farsça, Fransızca, Rumca ve İtalyanca bilirdi. Türkçe`de emsali bulunmayan 10 ciltlik Tarih-i Askeri adlı eseri çok değerlidir. Eserde Osmanlı İmparatorluğu`nda eskiden beri mevcut muhtelif askeri teşekkül ve müesseseler, 1826 yılına kadarki önemli savaşlar hakkında bilgi verilmektedir. Yalnız Yeniçeriler e ait olan birinci cildi basılmıştır. Ayrıca kıyafetleri ve o devrin silah ve teçhizatını gösterir bir albümü Paris`te basılmıştır. Bunlardan başka, Riyaziyenin Mebahis-i Dakikası, Kimyanın Sanayie Tatbiki, Sema ve Telefon gibi bilimsel eserleri de mevcuttur. Ancak 24 nüshası yayınlanan Yadigar adlı bir de dergi çıkarmıştır. Sadrazamlığı esnasında Babıali bahçesinde yaptırdığı kütüphane bugün de Cevat Paşa Kütüphanesi adı ile anılmakta olup, Başbakanlık Osmanlı Arşivleri`nin bir deposudur. Beş bin ciltlik şahsi kütüphanesini İstanbul Arkeoloji Müzesi`ne bağışlamıştır.
Kardeşi Mehmet Şakir Paşa da önemli devlet hizmetlerinde bulunmuş, ağabeyinin görevden alınarak ev hapsine mahkum edilmesi üzerine uğradığı haksızlığı kınamak için istifa ederek Büyükada`da halen Şakirpaşa Köşkü olarak anılan evine çekilmiştir. Cevat Şakir Paşa, kardeşi Mehmet Şakir Paşa`nın oğlu olan ve Halikarnas Balıkçısı olarak tanınan Cevat Şakir Kabaağaçlı`nın amcasıdır. Şakirpaşa ailesi olarak anılagelen aile fertleri arasında özellikle sanat alanlarında ismini duyurmuş pek çok isim yetişmiştir.