Transkripsiyon Faktörü

Biyolojik rolleri

• Bazal transkripsiyon düzenlemesi Ökaryotlarda transkripsiyonun gerçekleşmesi için "genel transkripsiyon faktörü" diye adlandırılan önemli bir transkripsiyon faktörü sınıfının üyeleri gereklidir. Bu faktörlerin çoğu doğrudan DNA`ya bağlı değildir, ama RNA polimeraz ile doğrudan etkileşirler. Bunların en önemlileri TFIIA, TFIIB, TFIID (ayrıca bakınız TATA bağlanma proteini), TFIIE, TFIIF ve TFIIH`dir.

• Gelişme Çok hücreli canlıların gelişmesinde pekçok transkripsiyon faktörü rol oynar. Uyarılara tepki veren bu transkripsiyon faktörleri, ilgili genleri çalıştırırlar veya durdurarlar, bu da hücre morfolojisinde, hücre kaderi belirlenmesinde ve hücresel başkalaşımda gerekli olan değişiklikleri mümkün kılar. Örneğin, Hox transkripsiyon faktör ailesi sirke sineğinden insana kadar pek çok canlıda vücut biçiminin oluşması için önemlidir. Bir diğer örnek, insanlarda cinsiyetin belirlenmesinde rol oynayan SRY genidir.

• Hücreler arası sinyallere tepki Hücreler, sinyal molekülleri salgılayarak birbirleriyle haberleşirler, bu moleküller alıcı hücrelerde sinyal silsileleri (ing. ``cascade``) başlatır. Eğer sinyal, aıcı hücredeki genlerin ifadesinin değişmesini gerektiriyorsa sinyal silsilesinin akışaşağısında (ing. ``downstream``) genelde bir transkripsiyon faktörü bulunur. Basit bir örnek olarak estrojen sinyallemesi verilebilir: estrojen, plasenta ve yumurtalık gibi dokular tarafından salgılanır, alıcı hücrenin hücre zarından geçip sitoplazmasındaki estrojen reseptörüne bağlanır; sonra estrojen reseptörü çekirdeğe gidip kendi DNA bağlanma yerine bağlanır, bu da ilgili genlerin transkripsiyon denetimini değiştirir.
• Çevreye tepki vermek Transkripsiyon faktörleri çevresel uyaranların doğurduğu sinyal silsilelerinin ucunda da yer alabilirler. Buna örnekler, yüksek sıcaklıkta canlı kalmayı sağlayan ısı şoku faktörü (ing., ``heat shock factor``; HSF), düşük oksijenli ortamda yaşamı sağlayan hipoksiya indüklenebilir faktör (ing. ``hypoxia inducible factor``; HIF) ve hücre içindeki lipit seviyelerini düzenleyen sterol düzenleyici elemana bağlanıcı protein (ing., ``sterol regulatory element binding protein``; SREBP) olarak sayılabilir.
• Hücre döngüsü kontrolü Çoğu transkripsiyon faktörü, özellikle onkogen veya tümör bastırıcıları hücre döngüsünü düzenlerler, dolayısıyla bir hücrenin ne kadar büyeyeceğine ve ne zaman bölüneceğini belirler. Bunun bir örneği hücre büyümesi ve apoptozda önemli rol oynayan Myc oncogenidir

Transkripsiyon faktör etkinliğinin düzenlenmesi

• Transkripsiyon faktör sentezi Transkripsiyon faktörlerinin sentezinde bir gen RNA`ya çevriyazılır (ing. ``transcribe``), RNA da proteine çevrilir. Bu adımların herbirinin denetimi bir transkripsiyon faktörünün seviyesine etki eder. Transkripsiyon faktörleri kendi kendilerini de denetleyebilirler: Örneğin, transkripsiyon faktörünün kendi represörü olması bir geri besleme döngüsü meydana getirir; transkripsiyon faktörü kendi geninin promotörüne bağlanarak kendi üretimini aşağı ayarlar (ing. ``downregulate``), böylece transkripsiyon faktörünün hücre içindeki seviyesi düşük kalmış olur.
• Çekirdeğe taşınma Ökaryotlarda transkripsiyon faktörleri (çoğu protein gibi) çekirdekte okunur amd sonra sitoplazmaya taşınır, oysa işlev yerleri çekirdektir. Çekirdekte aktif olan proteinler çekirdeğe gitmelerini sağlayan bir çekirdek lokalizasyon sinyaline sahiptirler ama transkripsiyon faktörleri durumunda bu lokalizasyon otomatik olmaz, bu süreç onların denetiminin önemli bir noktasıdır. Çekirdek reseptörleri gibi bazı transkripsiyon faktörleri sitoplazmadan çekirdeğe geçebilmek için önce bir liganda bağlanmak zorundadırlar.
• Kimyasal modifikasyon veya ligand bağlanması ile etkinleşme Ligandlar bir transkripsiyon faktörünün nerede bulunduğunu belirlemekten başka, onun etkin halde olmasını ve DNA`ya veya başka kofaktörlere bağlanabilir olmasına da etki ederler. Transkripsiyon faktörünün kimyasal değişimi de onu etkinleştirebilir. Örneğin, STAT proteinleri gibi transkripsiyon faktörlerinin DNA`ya bağlanmaları için fosforile olmaları gerekir.
• DNA bağlanma yerinin erişilebilirliği Ökaryotlarda aktif olarak çevriyazılmayan genler heterokromatinde yer alır. Heterokromatin, kromozomun tıkız (kompakt) olduğu bölgeleridir; bu bölgelerde DNA`nın histonlara sıkıca sarılmasıyla oluşan kromatin iplikçikleri vardır. Bu sıkışıklık yüzünden heterokromatindeki DNA`ya çoğu transkripsyon faktörü tafarından erişilemez. Transkripsyon faktörünün DNA`ya bağlanabilmesi için heterokromatinin histon değişimleri (modifikasyonları) yoluyla daha gevşek yapılı olan ökromatine dönüştürülmesi gerekir. Bir transkripsiyon faktörünün DNA`ya bağlanamamasının bir nedeni de bağlanma yerinin başka bir transkripsyon faktörü tarafında işgal edilmiş olmasıdır. Bir genin denetiminde iki transkripsiyon faktörü (bir aktivatör ve bir represör) bu şekilde birbirine zıtlık yaratabilirler.
• Bir kompleksin oluşumu için gereken diğer kofaktörler veya transkripsiyon faktörleri Çoğu transkripsiyon faktörü tek başına çalışmaz. Genelde transkripsiyonun olması için birkaç transkripsiyon faktörünün DNA düzenleyici dizilerine bağlanması gerekir. Bu transkripsiyon faktörleri de ardından transkripsiyon kofaktörlerini seferber ederek başlama öncesi kopmpleks ve RNA polimerazın bağlanmasını sağlarlar. Dolayısıyla tek bir transkripsyon faktörünün transkripsiyonu başlatabilmesi için bu diğer proteinlerin hepsinin yerinde olması ve transkripsiyon faktörünün kendisin de onlara bağlanabilecek bir durumda olması gerekir.

Yapı