Heterokromatin, interfaz aşamasında yoğunlaşmış halde bulunan kromatindir. Heterokromatik bölgeler geç replikasyon yapma özelliğine sahiptir. Konstitütif ve fakültatif olmak üzere iki formu bulunmaktadır. Çoğu bitki kromozomunun sonu konstitütif heterokromatin içerir.
Heterokromatinin inaktifliğinin moleküler mekanizması henüz tamamen aydınlatılmamıştır.