Sirkeci Garının bulunduğu yerde daha önce geçici olarak yapılan küçük bir istasyon mevcuttu. Alman Mimar August Jachmund tarafından planı çizilen şimdiki gar binasının yapımında granit mermer ve Marsilya Aden'den getirilen taşlar kullanıldı. 1888'de başlayan gar inşaatı 1890'da tamamlandı. Binanın açılışını II. Abdülhamit adına Müşir Ahmet Paşa yaptı.
Sirkeci garının ön cephesinde 2 saat kulesi bulunmaktadır. Binanın yan cephesinde Garın hizmete girdiği tarih, hem Rumi takvime hem de Miladi takvime göre yazılmıştır.
İnşa edildiği yıllarda denize çok yakın olan Sirkeci Garının çevresi geçen zaman içinde büyük bir değişime uğradı. Garın lokantası 1950'li ve 1960'lı yıllarda tanınmış yazar, gazeteci ve diğer şahısların buluşma noktası oldu. Paris'ten kalkan Şark Ekspresi uzun yıllar bu istasyona yolcu indirdi ve buradan yolcu aldı.
