Şark Ekspresinin seferlerinin başlamasından sonra İstanbul'a gelenler şehirdeki çeşitli otellerde kalıyordu. 1895 yılından itibaren ise İstanbul'a gelen yolcular treni işleten Vagon-Li Şirketi'nin satın aldığı Pera Palas'ta kalmaya başladılar. 4 yıl süren (1914-1918) I. Dünya Savaşı sırasında Şark Ekspresi seferleri yapılamadı. Tren savaş sırasında istasyonda kaldı.
İlginç Bir Tarihi Olay
I. Dünya Sasvaşını sona erdiren mütareke İtilaf Devletleri ile Almanya arasında Paris yakınlarında Şark Ekspresinin 2419 numaralı vagonunda imzalandı. Daha sonra bu vagon tarihi öneminden dolayı Fransızlar tarafından müzeye kondu.
II. Dünya Savaşı sırasında Almanya, Fransayı işgal edince Hitler Almanların I. Dünya Savaşında teslim anlaşmasını imzaladığı tarihi vagonda bu defa Fransızların teslim anlaşmasını imzalamasını istedi. Şark Ekspresinin 2419 numaralı vagonu müzeden çıkarıldı. Bu tarihi vagonda bu defa Fransa'nın teslim anlaşması imzalandı. Bu vagon daha sonra Almanya'ya götürüldü. 1945 yılında Almanya'nın teslim olmasından kısa bir süre önce bu vagon bir SS birliği tarafından imha edildi. Böylece Almanya ikinci, defa bu tarihi vagonda anlaşma imzalama ihtimalinden kurtuldu.
I. Dünya Savaşı Sonrası
1919'da yeniden seferlerine başlayan Şark Ekspresi 1905 yılında açılan simplon tünelinin ismiyle 'Simplon Orient Express' olarak anılmaya başlandı. Şark Ekspresinin yeni sefer güzergahından I. Dünya Savaşının mağlupları olan Almanya ve Avusturya'nın istasyonları çıkarıldı. Böylece Şark Ekspresi, Paris Lozan Milano ve Venedik üzerinden 58 saatte İstanbul'a ulaşmaya başladı. 1929'daki büyük ekonomik bunalım trenin yolcularının azalmasına yol açtı. Şark Ekpresi çeşitli roman ve filmlere konu oldu. Ünlü İngiliz polisiye roman yazarı Agatha Christie 'Şark Ekspresinde Cinayet' isimli romanını 1934 yılında yayınladı.
Şark Ekspresi sadece yolcu treni değildi. Tren, çeşitli ticaret eşyalarını karşılıklı olarak İstanbul'a ve Paris'e taşıyordu. İstanbul'da Fransızca olarak yayınlanan La Patrie gazetesinde yayınlalanan haberlere göre 1925 Şapka İnkılabından sonra binlerce şapka ve kasket Şark Ekspresiyle İstanbul'a getirildi.
II. Dünya Savaşı (1939-1945) sırasında Şark Ekspresinin seferleri tekrar kesintiye uğradı. II. Dünya Savaşından sonra Trenin güzergahı üzerindeki ülkelerin bir kısmında sosyalist rejimler kuruldu. Soğuk savaş sebebiyle çeşitli kısıtlamalarla karşı karşıya kalan ve gittikçe önemini kaybeden Şark Ekspresi son seferini 27 Mayıs 1977 tarihinde gerçekleştirdi. Trenin vagonları Montecarlo'da satıldı. Agatha Christie'in 'Şark Ekspresinde Cinayet' isimli romanınına konu olan trenin iki vagonu bir İngiliz tarafından satın alındı. Vagonlardan bazıları Fas Kraliyet Sarayı Müzesi tarafından satın alındı. Society Expeditions isminde bir kuruluş tarafından düzenlenen ve sembolik bir anlam taşıyan, Şark Ekspresinin 100. yıl seferine dünyanın değişik ülkelerinden gelen 100 kadar ünlü katıldı.
Günümüzde senede bir kez eylül ayında olmak üzere seferlerine devam etmektedir.