İstanbul`da her geçen gün artan trafik sorununa alternatif arayan İ.B.B. 1987 ve 1988 yıllarında Norveç`ten satın alınan 449 yolcu kapasiteli 10 adet deniz otobüsü ile hizmete başlamıştır. Bugün toplam 22 deniz otobüsü ile hizmet veren İDO 1995 yılında Avusturalya`dan satın alınan 2 adet Monohull tipi 155 yolcu kapasiteli deniz otobüsü ile 10 olan gemi adedini 12`ye çıkarmıştır (Akşemseddin & Ertuğrul Gazi).
10 gemilik bir projenin ilk 2 adedi olan ve 1996 yılında teslim edilen Avusturalya yapımı catamaran tipi 450 yolcu kapasiteli deniz otobüsleriyle (Sinan Paşa & Piyale Paşa)ile bu sayı 14`ü bulurken, 1997 Norveç yapımı 350 kişilik 3 gemi ve 400 kişilik 2 gemi ve yine ilk defa Türkiye Gemi Sanayi Pendik Tersanesi`nde imal edilen 400 kişilik 1 gemi ile sayı 20`ye yükselmiştir. 1997 yılında Yalova - Yenikapı arasında çalıştırılmak üzere 500 yolcu, 94 araç kapasiteli arabalı feribot Avusturalya`da inşa ettirilmiştir. 1998 yılında Yenikapı - Bandırma arasında karşılıklı çalıştırmak üzere yine aynı tersaneden - Austal Ships firmasından 800 yolcu kapasiteli 200 araçlık arabalı 2 feribot inşa ettirilmiştir(Turgut Özal & Adnan Menderes).12 Aralık 2005`te yine Austal firmasıyla kontratı imzalanan ve 2007`de teslimatı beklenen 2 yeni feribotta yine Bandırma-Yenikapı arasında ulaşımı kolaylaştıracaktır. Herbiri 1200 yolcu ve 225 araç kapasiteli katamaran tipi bu gemiler 40 deniz mili hıza sahip olup mesafeyi 75 dakikaya indirecektir.
2000 yılında Türkiye Gemi Sanayi Pendik Tersanesine 2 adet 400 yolcu kapasiteli deniz otobüsü inşa ettirilmiştir. Halen filomuzda 4 adet arabalı feribot 22 adet deniz otobüsü olmak üzere toplam 26 gemi ile hizmet verilmektedir.
İDO, 2005 Şubat ayında ise İstanbul Büyükşehir Belediye Başkanlığı Özelleştirme Yüksek Kurulu (ÖYK) ile bir protokol yaparak Türkiye Şehir Hatları İşletmesini devralma iradesini ortaya koymuştur. Devralma işlemleri İstanbul Büyükşehir Belediye Başkanlığı adına İDO tarafından yürütülmüştür. Devralma işlemiyle birlikte İstanbul`da deniz ulaşımından sorumlu tek otorite İstanbul Büyükşehir Belediye Başkanlığı olmuş ve bu otorite de büyük ölçüde İDO`ya devredilmiştir.
Yıllara Göre Deniz Otobüsleri
- 1988: 10 Adet
- 1994: 12 Adet
- 1996: 14 Adet
- 1997: 22 Adet (20 deniz otobüsü , 2 arabalı feribot)
- 1998: 24 Adet (20 deniz otobüsü , 4 arabalı feribot)
- 2000: 28 Adet (24 deniz otobüsü , 4 arabalı feribot)