Yeniçerilerin işlerine bakana “Yeniçeri Serdarı”, “Altıbölük Halkı”ndan olanların işlerine bakan kimseye de Kethüda Yeri ismi verilmiştir. Bundan sonra şehir yönetiminde yeni iki otorite ortaya çıkmış, bunların her şeye karışmaları ile de eski düzen önemli ölçüde bozulmuştur.
Yeniçeri serdarları yeniçeri ocağı içinden ve emektarları arasından tayin olunmakta idiler. Tayinleri için yeniçeri ağasının mektubu gerekliydi. Yeniçeri serdarı, cebeci, topçu, top arabacısı, gılman-ı acem (acemi oğlanları) ve kuloğullarının (babaları ölen yeniçeri çocukları) serdar ve komutanı olup onlar arasındaki anlaşmazlıkları ve davaları çözerdi.
Yeniçeri serdarlarının asıl görevleri, bölgesinde bulunan yeniçeri, cebeci, topçu, top arabacısı, kuloğulları ve acemi oğlanları taifesinin düzenini sağlamak, sefer anında emrinde bulunan yeniçerileri bayrağı altında toplayıp orduya katılmak ve varisi bulunmayıp vefat eden yeniçerilerin terekesini suk-i sultaniye (Sultan Çarşısı) irsal ettirerek malları Beytülmal’e aktarmak idi. Ayrıca zuhur eden eşkıyayı takip ve onların kontrol altına alınması, şehir sakinlerinin emniyet içerisinde olması da yeniçeri serdarının sorumluluğunda idi.
XVIII. asrın sonlarına doğru, vilayetlerde bulunan yeniçeri ağaları ile yeniçeri serdarları, kendilerine bağlı olan yeniçerilerin muhallefatlarına varis idiler. Vefat eden yeniçerinin terekesi eğer üç kese akçe veya bin beş yüz guruş kıymetinde ise bunu yeniçeri ağası alırdı. Bu meblağdan daha aşağı olanlar serdarın hakkı idi.
Yeniçeri serdarlarının görev süreleri oldukça kısaydı. Atama mektuplarında yer alan “…..kaza-i mezburede vaki yeniçeri serdarı ref‛ olunup yerine üslub-ı sabık üzre….” İfadesi yeniçeri serdarlarının bazen hiçbir sebebe bağlı olmadan azledildiklerini göstermektedir.
Hatt-ı hümayunlara göre, yeniçeri serdarları her üç ayda bir “ocağ-ı amire” tarafından serdarlık mektubu ile atanırlardı. Üç ayda bir “zabıt mektubu”nun yenilenmesi, “ibka”ların alınması ve eski “caize”lerin ocağa verilmesi gerekiyordu. Bazen serdarlar üç ay geçmeden bile görevden alınabiliyordu. XVIII. yüzyılda, Anadolu’daki yeniçerilerin durumundan sorumlu olan yeniçeri serdarları da görevlerinde çeşitli yolsuzluklara başvuruyorlardı. Orduda asker olan herkes vergiden muaf olduğu için, vergiden kurtulmak isteyenler, usulsüz yollarla yeniçeri olarak askere yazılırlardı. Yeniçeri serdarları rüşvet, adam kayırma ve suiistimal neticesinde orduya yeniçeri kaydetme yoluna giderlerdi. Üstelik bu kişiler gayri müslim dahi olabiliyorlardı. Ayrıca bizler asker taifesiyiz diye de yol kesme, gasp, hırsızlık gibi suçlar işleyerek eşkıyalık hareketinde de bulunuyorlardı. Bütün bu yolsuzlukların üstesinden gelmek için sık sık fermanlar yayımlanır olmuştur.
XVIII. yüzyılda yeniçeri serdarları yukarıda da belirttiğimiz gibi hakları ile bu görevi elde etmemekte olduğu gibi yabancı kişiler dahi bu görevleri ele geçirebiliyordu. 1717 tarihinde Anadolu’nun sağ kolundaki (İstanbul’un güneyinde kalan bölgelerde) vazife yapan görevlilere hitaben yazılan bir fermanda yapılan bi suiistimal açık bir şekilde ortaya konmaktadır. Bir zamanlar devletin önemli bir kolu olan yeniçerilerin içine yabancılar girdiği gibi, bazı kişiler de rica, rüşvet ve iltimas gibi yollarla yeniçeri serdarı olmaktaydılar. Bu gibi durumda elbette yeniçerilerde bir düzenin sağlanması beklenemezdi. Yeniçeriler halka zarar verdikleri gibi orduya da büyük bir darbe vuruyorlardı. Yeniçeriler arasında bulunan bozguncular orduya ait at, deve, katır, mal v.s. gibi şeyleri yağma ederek kaçırıyorlardı. Böylesine haince hareketler savaşta ordunun başarısına darbe vuruyordu. Yeniçerilerin bu tür davranışları bütün memlekette bir huzursuzluk meydana getirdi. Kazalarda, kasabalarda ve köylerde askerlik iddiasında bulunanlar savaş sırasında serdarların bayrakları altında savaşmak için değil, kendi menfaatleri ve kazançları için toplanıyorlardı. Bunlar konakladıkları yerlerde “Biz seferliyiz.” diye yöre halkının mallarını, eşyalarını gasp edip, halka zulmediyorlardı. Onların çıkardığı huzursuzluk ve zulmün önüne geçilemiyordu. Savaş zamanlarında harp bayrakları altında toplanmamakta ve komutanlarına itaat etmemekte idiler. Bütün bunların üstesinden gelebilmek için bunları tedip etmek, yola getirmek ve ıslah etmek için fermanlar çıkartılmıştı.