Vilcabamba, Machu Picchu`nun 35 km. güneybatısındaki çok dik dağlarda, Urubamba ve Río Apurímac nehirlerinin arasında bulunur. Yerliler bu şehri ``Corihuayracamba`` olarak adlandırır.
Manco Capac II, bu dağ şehrine kaçarak İspanyol işgalcilere karşı direniş göstermiştir. Öldürülmesinden sonra oğulları Sayri Túpac ve Titu Cusi Yupanqui savaşı devam ettirmişlerdir. Onların ölümünden sonra 1570`te Túpac Amaru tahta geçmiş, 24 Temmuz 1572`de İspanyolların Vilcabamba`yı bulmasıyla yakalanıp tutuklanmıştır.
İngiliz fotoğrafçı ve araştırmacı Peter Frost 1999`da yaptığı bir gezi sırasında sığınak şehrin izlerini buldu. 2001 yılının Haziran ayında, bir arkeoloji grubunu 3900 m. yükseklikte bulunan bu şehre götürdü. Burada 6.000 km² bir alanda tarım terasları, tahıl depoları, mezarlıklar, yüzden fazla dairesel bina, 8 km.lik sulama amaçlı bir kanal keşfettiler. Burada ayrıca altında mezarlık olan, dini amaçlı açık bir alan da mevcuttur.
Araştırmacılar Vilcabamba`ya ulaştıklarında şehir çoktan yağmalanmıştı. Mezarlarda iskeletler olmasına rağmen, yanlarında gömülen eşyalar bulunamadı. Bulunan seramikler ve taş iş aletleri iki ayrı zaman dilimine aittir. Büyük ihtimalle şehir 1200 yılında kurulmuş, daha sonra yeniden yerleşilmiştir. Karlarla kaplı dağlara bakan görkemli manzarası, tahminen güneşe taparken kullanılmış, ayrıca takvim geliştirmekte faydalanılmıştır.