İlk ve Ortaçağ boyunca, su yollarını birleştiren önemli bir ticari yol işlevi görmüştür. M.Ö.8.yüzyıldan başlayarak, Kerç Boğazının iki yakası boyunca Grek ticaret kentleri (koloniler) kurulmuştur. Bunların en önemlileri boğazın batı yakasında bulunan ve Bosporos Krallığı`nın başkenti de olan Panticapaeum ile güneyindeki Nymphaion, doğu yakasında da Phanagoria ve Hermonassa idi.
Kerç Boğazı, daha sonra birçok kez el değiştirdi. 1783`te Kırım Hanlığı`nın lağvedilip topraklarının Rusya`ya ilhak edilmesi sonucu, tamamıyla Rus denetimine girdi. Sovyetler döneminde, Rus SFS Cumhuriyetine bağlı bir oblast olan Kırım, 1954`te Ukrayna SSC`ye verildi. 1991 yılı sonunda Sovyetler`in dağılması üzerine, Kerç Boğazının batı yakası Ukrayna, doğu yakası da Rusya Federasyonu sınırları içinde kaldı.
