İskenderpaşa ismi, Fatih İskenderpaşa Camii`ni yaptıran İskender Paşa`dan gelmektedir.
İskender Paşa, Fatih Sultan Mehmet`in oğlu II. Bayezid`in İstanbul dışına çıktığında dahi şehri emanet edebileceği kadar sadık bir vezir olarak bilinir. Trabzon`da da İskender Paşa döneminde yapılmış olan İskender Paşa Camisi bulunmaktadır.
Mehmed Zahid Kotku`nun 1 Ekim 1958 tarihinde Fatih İskenderpaşa Camisi`nde imam olarak göreve başlamasıyla da harap durumdaki cami İstanbul`daki en faal camilerden birisi haline geldi.