Zahid Kotku, ilk öğrenimini Bursa Oruçbey İbtidaisi?nde, orta öğrenimini ise Maksem İdadisi ve Bursa Sanayi-i Nefise Mektebi?nde yaptı. Bu sırada çıkan Birinci Dünya Savaşı sebebiyle 18 yaşında askerlik görevine başladı. Uzun yıllar süren askerlik görevi boyunca ciddi hastalıklar geçirdi ve ordunun Suriye'den çekilmesi üzerine zor da olsa İstanbul'a dönebildi. 10 Temmuz 1914 yılından itibaren 25. Kıt?a Şube Yazıcılığı göreviyle askerliğe devam eden Zahid Kotku, İstanbul'da kaldığı müddet içinde çeşitli dini toplantılara, özel derslere ve camilerdeki vaazlara devam etti.
1915 yılında Gümüşhanevi Dergahı?na giren Zahid Kotku, Dağıstanlı Şeyh Ömer Ziyaüddin?in öğrencisi oldu ve onun sohbet ve derslerinde bulunarak tasavvuf yolunda ilerledi. Nakşi tarikatı büyüklerinden Ömer Ziyaüddin?in vefatı üzerine, yerine geçen Tekirdağlı Mustafa Feyzi?nin sohbetlerine devam etti. Tasavvuf yolundaki vazifesini tamamlayıp, hilafet aldı. Ardından Ramuzü'l-Ehadis, Hizb-i A'zam, Delail-i Hayrat ve Kaside-i Bürde okutmak üzere icazetnamesini aldı. Bu arada Bayezid, Fatih ve Ayasofya Camii ve medreselerindeki derslere devam etti ve hafızlığını tamamladı. Kısa bir süre geçtikten sonra, hocasının isteği üzerine çeşitli ilçe ve köylerde dini hizmetlerde bulundu.
Tekkelerin kapatılmasından sonra Bursa'ya döndü ve burada evlendi. 1929 yılında babasının vefatından sonra onun yerine Bursa'nın İzvat köyünde İmam-Hatiplik görevine başladı. On beş yıl kadar süren bu görevden sonra, Bursa il merkezindeki Üftade Camii Şerifi İmam Hatipliğine tayin edildi. Kaleiçi'ndeki baba evine yerleşen Kotku, 1945-1952 yılları arasında buradaki görevine devam etti. Aralık 1952 yılında dergah arkadaşı Kazanlı Abdülaziz Bekkine'nin vefatı üzerine talebelerinin ve sevenlerinin ısrarlı davetleriyle İstanbul'a taşındı. Fatih Zeyrek'teki Çivizade Camii İmam Hatipliğine tayin edildi. Bir ara yine Zeyrek'teki Ümmügülsüm Mescidinde İmam-Hatiplik yaptı. Son hizmet yeri ise, Ekim 1958'de görev yaptığı Fatih İskenderpaşa Camii?dir.
Yaşamının son yıllarını rahatsızlıklar içinde geçiren Mehmed Zahid Kotku, 1979 yılında uzun bir süre kalmak niyetiyle gittiği Hicaz'dan, Şubat 1980?de ağır hasta olarak dönmek zorunda kaldı. Yaklaşık bir ay sonra, 7 Mart 1980'de midesinden ağır bir ameliyat geçirdi. Ameliyattan sonra kısmen düzelen Kotku, Hac vazifesini yerine getirirken tekrar hastalandı ve güçlükle tamamladığı Hac vazifesinden sonra 6 Kasım 1980?de İstanbul?a döndü. Dönüşünden tam bir hafta sonra, 13 Kasım 1980 günü vefat etti ve bir gün sonra, İstanbul Süleymaniye Cami?nde kılınan cenaze namazının ardından hocalarının yanına defnedildi. Mehmed Zahid Kotku?nun beş ciltlik Tasavvufi Ahlak adlı eseriyle Dua Mecmuası, Cennet Yolları ve Müminlere Vazlar adlı eserleri vardır.