Türkçe Bilgi: Helikaz

Helikazlar tüm canlılar için hayati önem taşıyan bir enzim sınıfıdır. Nükleik asitlerin fosfodiester omurgası üzerinde hareket ederek birbirlerine hidrojen bağlarıyla bağlanmış nükleik asit ipliklerini (DNA'nın, RNA'nın veya RNA-DNA hibritlerinin) ayrıştırır. Bunun için ATP hidrolizinden açığa çıkan enerjiyi kullanır. İşlev Çoğu hücresel işlev (DNA ikileşmesi, transkripsiyon, DNA tamiri, ribozom biyongenezi gibi) nükleik asit ipliklerinin ayrışmasını gerektirir. DNA ikili sarmal'ının veya kendi kendisiyle baz eşleşmesi yapmış RNA moleküllerinin ipliklerinin ayrışmasında genelde helikazlar görev alır. Bu süreçte ATP hidrolizinden kaynaklanan enerji kullanılır. Pekçok helikaz vardır (E. coli'de kesin bilinen 14, insanda 24) bunların çokluğu, iplik ayrışmasının gerekli olduğu süreçlerin çeşitliliğinin bir sonucudur. Helikazlar bir iplik üzerinde her bir halikaz için farklı olabilecek bir doğrultu ve süreçleme ile adım adım ilerlerler. Helikazlar farklı yapılara ve oligomerleşme hallerine sahiptir. DnaB-benzeri helikazlar simit şekilli heksamer (altılı) DNA'yı çözmelerine karşın, başka enzimler monomer veya dimer olarak çalışırlar. Helikazlar ikileşme çatalının genişlemesi için pasif şekilde beklemezler, aktif olarak çatalın açılmasını sağlarlar. Hücre içinde helikazlarla beraber çalışan yardımcı proteinler sayesinde DNA'nın çözülmesi helikazın tek başına çalışmasına kıyasla çok daha hızlı olabilir. Helikaz kodlayan bir gendeki mutasyonlar Werner sendromuna yol açar, bu bozuklukta erken yaşlanma görülür. Yapısal özellikler Helikazlar belli derecede amino asit dizi benzerliği gösterirler; ortak dizi motiflerine sahiptirler. Bu dizilerin ATP hidrolizi ve nükleik asit iplik üzerinde ilerleme ile ilgilidir. Amino asit dizisinin değişken kısmı ise her helikazın kendine has özellkileri ile ilgilidir. Tanımlanmış helikaz motiflerine dayanarak herhangi bir proteine muhtemel bir helikaz etkinliği addetmek mümkündür ama bir motifin varlığı bir proteinin helikaz olduğunu teyid etmeye yetmez. Korunmuş dizi motifleri enzimler arasında evrimsel homolojiyi desteklerler. Helikaz motiflerin varlığına ve biçimine dayanılarak, helikazlar 4 üst aileye ve 2 küçük aileye ayrılmıştır. Aşağıda bunların ayrıntıları verilmiştir. Üst aileler * Üst aile I: UvrD (E. coli, DNA tamiri), Rep (E. coli, DNA ikileşmesi), PcrA (Staphylococcus aureus, rekombinasyon), Dda (bacteriofaj T4, ikileşme başlatımı), RecD (E. coli, rekombinasyonlu tamir), TraI (F plasmidi, konjügasyonlu DNA transferi). * Üst aile II: RecQ (E. coli, DNA tamiri), eIF4A (ekmek mayası, RNA çevrimi), WRN (insan, DNA tamiri), NS3 (Hepatit C virüsü, ikileşme). TRCF (Mfd) (E.coli, transkripsiyon-tamir birleşimi). * Üst aile III: LTag (Simian Virüs 40, ikileşme), E1 (human papillomavirus, ikileşme), Rep (Adeno-ilişkili Virüs, ikileşme, viral bütünleşme, virion paketlemesi). * DnaB-benzeri aile: dnaB (E. coli, ikileşme), gp41 (bakteriofaj T4, DNA ikileşmesi),T7gp4 (bakteriofaj T7, DNA ikileşmesi). * Rho-benzeri aile: Rho (E. coli, transkripsiyon sonlanması). Bu üst ailelerin tüm olasıl helikazları kapsamamaktadır. Örneğin XPB ve ERCC2 yukarıda belirtilen ailerin hiç birine ait değildir.

Kaynaklar

Vikipedi

Helikaz

Kaynaklar

Replikasyon çatalı

DNA yanlış eşleşme tamiri

Hidrolaz

DNA onarımı

Enzim listesi

Homolog rekombinasyon

DNA replikasyonu

DNA Polimeraz

Helikaz

Helikaz Hakkında Detaylı Bilgi

Kaynaklar

Görüşler ve Yorumlar

Okuma Önerileri

Replikasyon çatalı

DNA yanlış eşleşme tamiri

Hidrolaz

DNA onarımı

Enzim listesi

Homolog rekombinasyon

DNA replikasyonu

DNA Polimeraz