Ermeni Apostolik Kilisesi Hristiyanlığın diğer mezhepleri tarafından monofizit bir kilise olarak tanımlanır. Monofizit görüş İsa`nın hem insani hem de tanrısal olmak üzere iki değişik tabiatı bulunduğunu savunan görüştür. 451 yılında toplanan Kadıköy (Khalkedon) Konsili bu görüşü reddetti. Ermeni Apostolik Kilisesi Khalkedon kararlarını tanımayarak Ortodoksluktan ayrılan kiliselerden biridir. Ancak Ermeni Apostolik Kilisesinin kendisi monofizit tanımlamasını reddetmektedir. Anlaşmazlığın İsa`nın insani ve tanrısal tabiatlarının birliği konusunda değil, Kalkedon Konsili`nin verdiği kararın anlatım biçiminden kaynaklandığı görüşündedir.
Apostolik Kilisesi`nin en büyük ruhani lideri Katolikos`tur. Günümüzde bu görevi Ermenistan`ın Eçmiadzin kentindeki II. Karekin yürütmektedir. Ermenistan dışında Rusya, Gürcistan, Fransa, ABD, Lübnan, Suriye, Kanada, Türkiye ve İran`da Ermeni Ortodoks Kilisesine bağlı toplumlar mevcuttur. Türkiye`deki Ermenilerin ruhani lideri İstanbul Ermeni Patriği`dir. Şu anda bu görevi Mesrob II Mutafyan yürütmektedir.