ndeki Bosna-Hersek, Makedonya, Trakya ve Avrupa'daki diğer topraklara yerleşti. Yahudiler Bosna-Hersek'e toplu halde 16.yy'da vardılar ve çoğunlukla Saraybosna'ya yerleştiler. İlk Aşkenaz Yahudileri, Osmanlı TürkleriMacaristan'dan 1686'da kovuldukları zaman geldiler. Müslüman komşularıyla dostluk ve varlık içinde yaşayan Sefaradlar İspanya dışındaki en kalabalık Sefarad cemaatini oluşturdular. Osmanlı İmparatorluğu altında genelde iyi muamele gören Yahudiler gayrimüslimlere tanınan haklardan faydalandılar. Bazı kısıtlamalara rağmen bu İmparatorluktaki Yahudiler varlık sahibi oldular. Onlara bazı otonom haklar tanınıp, gayri menkul satın alma, sinagog inşa etme ve İmparatorluk altında ticaret yapma hakkı tanıdılar. 1856'da Yahudilere ve diğer gayrimüslimlere eşit haklar sağlandı.
Habsburg hakimiyeti
Avusturya-Macaristan İmparatorluğu'nun 1878'de Bosna-Hersek'i işgal etmesiyle bölgeye Avrupa sermayesi, şirketleri ve metotları soktular. Bununla birlikte birçok eğitimli profesyonel Aşkenaz da bölgeye gelmiş oldu. Sefaradlar geleneksel olarak el sanatları ve dış ticaretle ilgilenmeye devam ettiler. 1926'da Bosna-Hersek'teki Yahudi sayısı 13,000 idi. 22 Temmuz1941'de Ustaşanın amacının Hırvatistan Bağımsız Devleti'nin "yabancı unsurlar"dan temizlemek olduğunu belirtti. Mesajında "Ustaşa hareketinin temeli dindir. Sırp, Yahudi ve Çingeneler için üç milyon kurşunumuz var" dedi. Ustaşa hareketinin lideri Ante Pavelic1941'de "Kısa bir sürede Yahudilerin öldürüleceği"ni belirtti. II.Dünya Savaşı'nın sonunda Ustaşa 100,000 Sırp, 40,000 Çingene ve 32,000 Yahudi öldürdü. Savaştan önce nüfusu 14,000 olan Bosna Yahudilerinden 10,000'i öldürüldü. (yaklaşık 1600 kişi İtalyan kontrolündeki Dalmaçya'ya kaçarak kutuldu) Yugoslavya Krallığı ordusundaki Yahudi askerler ise Almanların hakimiyetinde savaş suçlusu olarak hayatta kalmayı başardı. Savaş bittikten sonra Saraybosna'ya geri döndüler. Dr. Jozo Petrovic ve baş kütüphaneci Derviş Korkut tarafından Nasyonel Sosyalistlerden saklandı. Derviş, kitabı saklaması için onu Treskavica yakınlarında bir dağ köyüdneki Müslüman bir hocaya verdi ve Agada bir camide diğer Kuranların arasında saklandı. Agada, 1992-1995'teki Bosna Savaşı sırasında Sırp kuşatmasından yeraltı banka kasasında saklanarak korundu. Birleşmiş Milletler ve Bosna Yahudi cemaatinin desteğiyle düzenlenen kampanyada Agada iade edildi ve Aralık 2002'de müzeye konuldu.
