Aleksandros Mavrokordatos'un babası Sakız adasında yetişmiş bir ipek tüccarıydı. Annesi Aleksandros'u Avrupa'ya eğitim görmek için gönderdi. Aleksandros, Padua ve Bolonya Üniversitelerinde Fen ve Tıp dallarında öğrenim gördü ve tezler yazdı. İstanbul'a döndükten sonra Fener Rum Patrikhanesi'ndeki Akademisini yönetti. 1671 yılında sadrazam Köprülü Fazıl Ahmed Paşa'nın baş tercümanı oldu. Sarayda İskerletzade İskender adıyla tanındı. Merzifonlu Kara Mustafa Paşa sadrazam olduktan sonra görevine devam etti. 1683 yılında II. Viyana Kuşatması'nın başarısızlıkla sonuçlanmasından sonra görevden alındı. Ancak 1687 yılında tekrar göreve döndü. Aleksandros Mavrokordatos'un en önemli rolü 1698 yılında Karlofça Antlaşması'nın müzakeresi sırasında oldu. Sadrazam Köprülü Hüseyin Paşa'nın emriyle sadece tercümanlık yapmakla kalmadı, elçilik görevini üstlenerek antlaşmanın başarıyla sonuçlanmasına aracılık etti.
Alexandros Mavrokordatos ölümüne kadar Fener Rum Patrikhanesi'nde birçok yüksek derecede görevlerde bulundu. 1709 yılında İstanbul'da öldü.