Abdürreşid Han’ın 1559’da ölümü üzerine on üç oğullarından ikincisi olan Abdülkerim Han, kardeşlerinin desteği ile tahta çıkmıştır. Ne var ki, Abdülkerim Han bütün gayretine rağmen ülkenin yeniden şehir devletleri haline gelmesine ve birbiri ile uğraşarak hem memleketin hem de halkın zarar görmesine engel olamamıştır. Ülkesinin ve halkının bütünlüğünü sağlama ümidi ile Batı Türkistan’da yetişmiş büyük din alimlerinden Ahmet Kazani (Mahdum-ı Azam)'nin oğullarından Hoca İshak Veli’yi Doğu Türkistan’a çağırmıştır.
Hoca İshak Veli, bütün Doğu Türkistan’ı dolaşarak Müslümanların kardeş olduğunu birbirlerine yardım ederek ülkenin ve insanların birlik ve beraberliğini korumaları gerektiğini anlatmaya çalışmıştır. Hoca İshak Veli bu çalışmalarında bazı yönden başarılı olmuş ve ülkenin parçalanmaya gitmesine engel olmuştur.
Fakat Hoca İshak Veli’nin bu etkinlikleri ülkenin doğu illerinin hakimi olan Abdüllatif Han (1614-1624) tarafından, Abdülkerim Han’ın yerine geçen oğulları Muhammet Han ile Şecaeddin Ahmet Han ve Abdullah Hanlara egemenlik yönünden yarar sağlayacağı düşüncesiyle Ahmet Kazani (Mahmud-ı Azam)'nin ilk hanımından olan büyük oğlu Hoca Kalan (Muhammet Emin)’ı Yarkent'e çağırması Doğu Türkistan'ın yazgısına etki edecek olayların gelişmesine neden olmuştur. Çünkü bu iki kardeş Hocanın ölümünden sonra oğulları büyük bir çekişmeye girerek ülkeye fayda yerine zarar getirmişlerdir. Hoca İshak Veli’nin oğulları İshakiyye veya Karatağlık adıyla, kardeşi Hoca Kalan’ın oğulları da Afakiyye veya Aktağlık adıyla ayrı görüşleri savunan iki dini grup olarak kıyasıya savaşıma girmeleri ülkeyi yeni bir döneme sürüklemiştir ki bu döneme "Hocalar Devri" denmiştir.
Ülkeyi kendi egemenliğinde tutmak için Hoca İshak Veli'yi Doğu Türkistan'a yardıma çağıran Abdülkerim Han’ın bu hareketi yalnız dini konularda değil, aynı zamanda siyasi alanda da olayların hızla gelişmesine neden oldu. Ülkenin doğu illeri ile batı illeri arasında bozulan birliği yeniden kurmak mümkün olmadı. Abdülkerim Han 1591’de öldüğü zaman ülkenin durumu bu birlikten oldukça uzaktı.
Abdülkerim Han'ın ölümünden sonra sıra ile yerine geçen oğulları önce Muhammet Han, sonra Şecaeddin Ahmet Han ve en son Abdullah Han, Yarkand Hanlığını yönetmişlerdir.