1867 yılında Trablusgarp vilayeti Evkaf Müdürü Abdullah Avni Efendi`nin oğlu olarak doğdu. Ailesi ilmiye sınıfına mensuptu. İlk öğrenimini aile içinde ve özel derslerle tamamladıktan sonra, 1883`de İstanbul`a giderek Fatih Başkurşunlu Medresesine kaydoldu.
1869`da memleketi Ürgüp`e dönerek, ardından Kayseri`ye geçti. Kayseri`de Yağmurlu Medresesinde derslerine devam etti. Ardından yine İstanbul`da Başkurşunlu Medresesinde 8 yıl eğitim gördü. Medreseden sonra kaydolduğu Hukuk Mektebini de bitirerek Bursa`da müderris olarak memuriyet hayatına başladı. İlk görevinden sonra Adliye`ye geçerek II. Meşrutiyet`e kadar sırasıyla Maraş, Trablus ve Lazkiye`de çeşitli görevlere getirildi. Ardından tayin edildiği Selanik`te genç subay ve aydınların kurdukları siyasi oluşumlara yaklaştı ve bazılarına fiilen katıldı. Selanik`te ceza reisi iken İttihat Terakki Cemiyeti bünyesine girdi. Meşrutiyet`in ilanından sonra Niğde mebusu olarak Meclis-i Mebusana girdi. Bu arada Darülfünun`da müderrisliğe devam etti.
İbrahim Hakkı Paşa kabinesinde Dahiliye, Orman ve Meadin nezaretlerinde vekaleten bulunan Hayri Efendi, Küçük Mehmed Said Paşa`nın kabinesinde Adliye Nezareti ve Şurayı Devlet başkanlığına asaleten atandı. 16 Mart 1914`de Şeyhülislam oldu.
Birinci Dünya Savaşı`nın başlaması ile cihad fetvasını veren şeyhülislam oldu. Şeyhülislamlık dönemi 1916`ya kadar sürdü. Talat Paşa ile anlaşmazlıkları şeyhülislamlıktan ayrılmasında rol oynadı. Sultan VI. Mehmet Vahideddin döneminde Adliye Nazırlığını üstlenen Hayri Efendi, 1. Dünya savaşı sonrasında İstanbul`un işgali ile Malta sürgünleri arasında yer aldı. Rahatsızlanınca serbest bırakılarak, önce Roma`ya, sonra da Anadolu`ya geçti.
Ankara`da Mustafa Kemal`le görüştü. Görev teklifini rahatsızlığı nedeniyle kabul edemeyerek memleketi Ürgüp`e gitti ve 7 Temmuz 1921`de Ürgüp`te vefat etti.
Bir defa başbakanlık yapan Suat Hayri Ürgüplü ile milletvekilliği yapan Dr. Av. Münip Hayri Ürgüplü`nün babasıdır. Ürgüp Cami-i Kebir bahçesindeki aile kabristanına gömülmüştür.
