Veliahtlık meselenin ortaya çıkması üzerine, tekrar Saruhan’a tayin isteği kabul edilmedi. Babası ve Sadrazam Hadım Ali Paşanın, Şehzade Ahmed’in veliahtlığına taraftar olmaları gibi sebeplerle İstanbul’la arası açıldı. Hac bahanesiyle Antalya’dan Mısır’a gitti (1509). Mısır’da Memluk Sultanı Kansu Gavri tarafından parlak merasimlerle karşılanması, babasını kızdırdı. Bağışlanması üzerine Antalya’ya döndü (1511). Kardeşi Selim’in, babasına karşı hareketi üzerine Manisa’ya, sonra da gizlice İstanbul’a gitti. Yeniçerilerden, padişahlık için aradığı desteği bulamadı. Babasının yerine geçen kardeşi Yavuz Sultan Selim’in padişahlığını tanıdı. Saruhan Sancakbeyliğine tayin edildi.
Yavuz Sultan Selim, ağabeyinin fikrini öğrenmek için, bazı devlet adamlarının ağzından padişah olmasını arzu eder tarzda mektuplar yazdırdı. Şehzade Korkut’un, mektuplara müspet cevaplar vermesi üzerine, Manisa kuşatıldı. Bergama yakınlarında yakalanan Korkut, Bursa’ya götürülürken Emet yakınlarında Eğrigöz’de öldü (1513). Bursa’da Orhan Gazi Türbesi civarında defnolundu.
Din ve fen ilimlerinde yetişmiş olan Şehzade Korkut, Harimi mahlasıyla şiirler yazmıştır. Divan sahibi bir şairdir. Fıkıhta ganimet hukukuna dair Hallü İşkali’l-Efkar fi Hill-i Emvali’l-Küffar adlı eserin sahibidir. Vesiletü’l-Ahlak adlı ahlak kitabını Arapça olarak kaleme almıştır. Tasavvufla ilgili olarak da Kitab fi’t-Tasavvuf diğer adıyla Kitabü’l-Harimi’yi yazmıştır.
Diğer eserleri; Şerh-i Elfaz-ı Küfr, Korkudiye (Fetava-i Korkudhaniye) ve Şerhü’l-Mevakıf li’l-Cürcani’dir.
Şehzade Korkut, bu kadar eser sahibi olmasına rağmen, ilminden çok, Akdeniz’deki Türk denizcilerine yaptığı yardımlarla meşhur olmuştur. Onlara gemi ve malzeme yardımında bulunmuş, Hıristiyan şövalyelerin ellerine esir düşenleri kurtarmıştır. Bilhassa Oruç ve Hızır (Barbaros) reislere yardım ve teşvikleri meşhurdur.