1912`de Paris Sorbonne Üniversitesi`nde tıp bitirdi ve sinir hastalıkları uzmanı oldu. Jön Türkler`in faaliyetlerini yakından takip etti. Balkan Savaşı ve Birinci Dünya Savaşı`nda Çanakkale Cephesinde tabip yüzbaşı olarak görev yaptı.
Mütareke döneminde Kurtuluş dergisinde yazıları yayınlandı. Kurucuları arasında yer aldığı Türkiye İşçi Çiftçi Sosyalist Fırkası`nın (TİÇSF) genel sekreterliğine seçildi (1919). Türkiye Amele Birliği yönetiminde etkili oldu. TKP`nin 10 Eylül 1920`de Bakü`de toplanan 1. Kongresinde gıyabında Merkez Komitesi üyeliğine ve Merkez İcra Komitesi 1. Sekreterliğine seçildi.
Gizli Türkiye Komünist Partisi`nin (TKP) yayın organı Aydınlık dergisini yayınlamaya başladı (Haziran 1921). Üçüncü Enternasyonal`in (Komintern) 1924 yılındaki bir toplantısında Kontrol Komisyonu üyeliğine getirildi. Komintern`in güçlü desteğiyle İstanbul Akaretler`de gizli olarak toplanan TKP`nin Üçüncü Kongresinde oy birliğiyle Genel Sekreter seçildi (1925).
Takrir-i Sükun Kanunu çerçevesinde TİÇSF kapatıldı ve yurtdışında bulunan Dr. Şefik Hüsnü gıyabında İstiklal Mahkemesi tarafından bir yıl hapse mahkum edildi. 1926 yılında Viyana`da parti konferansını düzenledi. Yurda döndü ve cezaevine girdi. Cezaevindeyken Komünist Enternasyonal`in İcra Komitesi`ne seçildi.
Mayıs 1929`da cezasını tamamladıktan sonra resmi pasaportla tekrar yurtdışına çıktı ve Almanya`ya gitti. Berlin`de Komintern`in Batı Avrupa bürosunu yönetti. 27 Şubat 1933`te Nasyonel Sosyalistler tarafından düzenlendiği düşünülen Reichstag yangını provokasyonu sonrasında Georgi Dimitrov ve Almanya`da bulunan diğer Komintern üyeleriyle birlikte tutuklandı. Altı ay sonra tahliye oldu ve bir banka kasasında bulunan Komintern arşivini Nasyonel Sosyalistlerden kaçırmayı başardı.
1939 yılında Türkiye`ye dönmesine izin verildi ve Birinci Dünya Savaşı`ndaki rütbesiyle tabip yüzbaşı olarak 1941-1943 yılları arasında yedek askerlik yaptı. 1945 yılında Cemiyetler Kanunu`ndaki değişiklik sayesinde yasal Türkiye Emekçi Köylü Sosyalist Partisi`ni (TEKSP) kurabildi (1946). Kısa sürede 13 ilde örgütlenen ve yalnız İstanbul`da 10.000 işçiyi saflarında toplamayı başaran parti hükümet çevrelerinde rahatsızlığa yol açtı. Kuruluşundan atlı ay sonra, parti, sendika ve sol yayınların yasaklanması sürecinde TEKSP de kapatıldı. Şefik Hüsnü`nün de içinde bulunduğu 43 parti yöneticisi tutuklandı.
1950 affıyla serbest kaldı ancak 1951`de gizli TKP yöneticisi olarak yeniden tutuklandı. 5 yıl 10 ay hüküm giydi. 65 yaşını bitirmiş olduğundan, cezası 4 yıl 2 ay ağır hapis, 1 yıl 4 ay 20 gün müddetle Manisa`da sürgün cezasına çevrildi. 1957`de tahliye edildi. 8 Nisan 1959`da Manisa`da sürgünde öldü.