Kuruluş
Billy Corgan, gotik rock grubu "The Marked" ile demolar kaydedip, Florida`da çalıyordu. Grubun dağılması sonrası Corgan, doğum yeri olan Chicago`ya döndü. Orada plak şirketinde çalışırken James Iha ile tanıştı. İkili, bir drum machine ile The Cure etkileşimli şarkılarını yazmaya başladılar. 1988`de Corgan, bas gitarist D`arcy Wretzky ile tanıştı. D`arcy kısa süre sonra gruba dahil oldu ve Iha ile aşk yaşamaya başladı. 9 Temmuz 1988`de Corgan, Iha ve drum machine ilk konserlerini verdi. D`arcy`li ilk konser ise 10 Ağustos 1988`de verildi. Bu konser sonrası Chicago`da bir konser salonu, drum machine yerine gerçek bir davulcu olması kaydıyla grupla anlaştı. Corgan, arkadaşının tavsiyesiyle Jimmy Chamberlin`i davula aldı. Chamberlin, alternatif rockla ilgilenmeyen bir caz davulcusuydu ancak gelişi gruba yeni bir hava kattı ve dörtlü olarak ilk konserlerini 5 Ekim 1988`de verdi.İlk albümler
1989`de grup ilk demolarını kaydetti ve "Light Into Dark" adlı bir toplama albümde yer aldı. 1990`de "I Am One" ve "Tristessa" adlı iki single çıkardılar. Grup 1991`de Butch Vig prodüktörlüğünde ilk albümleri Gish`i çıkardı. Albüm, heavy metal etkileşimliydi. Albüm orta karar bir başarı elde etti. Ekim 1991`de "Lull" EP`si yayınlandı. Grup o sene Red Hot Chili Peppers, Guns N Roses gibi gruplarla beraber sahne aldı. Ancak bu sırada James ve D`arcy`nin ayrılması, Chamberlin`in alkol bağımlığı ve Corgan`ın depresyon hastalığı grupta sorunlara yol açtı. Bu arada Nirvana gibi grunge gruplarının yükselmesi The Smashing Pumpkins`in de gündeme oturmasına neden oldu. Grup Seatle`daki grunge müzik ortamında geçen "Singles" filmi soundtrack`i için "Drown" adlı şarkıyı kaydetti.Corgan depresyon içinde geçirdiği günlerde stüdyoda yeni albüm Siamese Dream için kayıtlar yapıyordu. Grup üyeleri her şeyden uzaklaşmak için Chicago dışında kayıtlara başladılar ancak Chamberlin`in uyuşturucu problemleri tekrar ortaya çıktı. Üyeler arasındaki sorunlar da gitgide artıyordu. Corgan, her şeyin istediği gibi olmasını istiyor ve diğer üyelerle çatışıyordu. Albüm zor bir kayıt süreci sonrası 1993`te çıktı. Listelere 10 numaradan giren albümün "Today" ve "Disarm" videoları MTV`de rotasyona girdi. 1994`te B-Side toplaması "Pisces Iscariot" (Listelere dört numaradan girdi) ve konser videosu "Vieuphoria" yayınlandı.
Zirve yılları
Turneden sonra Corgan bir konsept albüm yaratma çalışmalarına başladı ve 1995`te double albüm Mellon Collie and the Infinite Sadness yayınlandı. Albüm listelere bir numaradan girdi ve Amerika`da dokuz platinyum plak aldı ve tüm zamanların en çok satan double albümü oldu. Albümün ilk single`ı Bullet with Butterfly Wings, 1997 Grammy Ödüllerinde en iyi hard rock şarkısı ödülü aldı ve "1979", "Tonight, Tonight", "Thirty-Three" single`ları Top 40 listelerinde yer aldılar. Albüme giremeyen şarkılar "The Aeroplane Flies High" adıyla 200,000 tane basılmış özel bir şekilde yayınlandı ancak talep üzerine Virgin Records albümden daha fazla bastı.1996`de turunda Corgan, uzun saçlarını sıfıra vurdurmuş ve albümden çıkan bir single olan "Zero" yazan t-shirt`üyle kendi tarzını yaratmıştı. Bu t-shirt o senenin en çok satan giyim ürünlerinden biri olmuştu. O yılın mayıs ayında Dublin`de verilen bir konserde izdiham yüzünden bir hayranları hayatını kaydetti. 11 Temmuz 1996`da ise başka bir trajedi yaşandı ve grubun turne klavyecisi Jonathan Melvoin aşırı dozdan hayatını kaybetti ve baterist Jimmy Chamberlin tutuklandı. Grup bunun üzerine Chamberlin`i gruptan kovdu ancak turneye devam etme kararı aldılar. Turne sonrası artık rock müziği bırakıp daha elektronik bir müzikle yola devam etme kararı aldılar.
Yeni denemeler ve dağılış
Grup 1997`de yeni tarzlarına uygun bir şekilde elektronik ağırlıklı "Eye" şarkısını Kayıp Otoban filmi için kaydettiler. 1998`de ise Batman & Robin filmi için "The End Is The Beginning Is The End" şarkısı davulda Matt Walker ile kaydedip, 1998 Grammy Ödüllerinde en iyi hard rock şarkısı ödülünü aldılar. 1998`de yeni albüm Adore yayınlandı. Grup içinde yaşanan sorunların dışında, Billy Corgan`ın annesinin ölümü ve karısından boşanması albümün tonunu daha da karanlık yaptı. Grup, belli bir davulcu yerine stüdyo davulcuları ve drum machine ile çalıştılar. Sonuç olarak Grammy adaylığı kazansalarda 800.000lik bir satış oranı ile hayal kırıklığı yarattılar. Albümün turnesinin bir kısmında kazanılan parayı grup hayır kurumlarına bağışladı.1999`de baterist Chamberlin`in tedavisi sonra erdi ve gruba tekrar katıldı. 1999`de grup "The Arising" adlı kısa turnesine çıktı. Grup 2000`de yeni albümleri Machina/The Machines of God kayıtlarını bitirdikten sonra bas gitarist D`arcy gruptan ayrıldı ve yerine eski Hole gitaristi Melissa Auf der Maur aldı. Albüm elektronik müzikten daha uzak bir sound`a sahipti. Listelere üç numaradan girse de kısa sürede düştü. Albümün iyi eleştiriler almasına rağmen satışlarının çok iyi olmaması o zaman müzik piyasasına damga vuran Britney Spears, Christina Aguilera gibi teen pop sanatçılarının gözde olmasına bağlandı.
23 Mayıs 2000 tarihinde grup bir albüm daha yayınlayıp, son bir turne ile dağılacağını açıkladı. Eylül 2000`de Machina II/The Friends & Enemies of Modern Music adlı birkaç plak baskısı yapılan ve internette download`a sunulan yeni albüm yayınlandı. 2 Aralık 2000`de grup ilk konserlerini verdikleri yerde son konserlerini verdi. O konsere katılanlara ilk konserin kayıtlarından oluşan bir albüm verildi ve grup dağıldı.
Dağılma sonrası
2001`de grubun best of`u Rotten Apples yayınlandı. Limited edition versiyonunda Judas í˜ adlı bir b-side toplaması da yer alıyordu. 2001`de Billy Corgan ve Jimmy Chamberlin Zwan adlı projelerini başlattılar. Grup tek albüm çıkardı. Albümün iyi eleştiriler alması bile grubun 2003`te dağılmasına engel olamadı. Yine 2001`de Corgan New Order`ın turnesinde gruba eşlik etti. 2005`te TheFutureEmbrace adlı solo albümünü yayınladı.Zwan dışında baterist Chamberlin The Jimmy Chamberlin Complex adlı grubunu kurdu ve bir şarkıda Corgan`ın vokalleri bulunan bir albüm kaydetti. D`arcy ise gruptan ayrıldığından beri basın önüne çıkmadı. James Iha grubun ayrılması sonrası ünlü alternatif rock grubu A Perfect Circle`a katıldı. 2004`te Billy Corgan, James Iha`ya uyuşturucu bağımlısı ve grubun dağılmasının sorumlusu suçlamalarında bulundu ancak James Iha bunları reddederek grubun dağılmasının tek sorumlusu olarak Corgan`ı gösterdi. 2005`te Billy Corgan verdiği bir ilan ile grubun tekrardan biraraya gelmesi isteğini söyledi.