Oyunun kahramanı (Syphon Filter: Omega Strain hariç) Gabriel Logan isimli eski bir özel kuvvetler askeridir.Gabriel Logan Metal Gear Solid`in kahramanı olan Solid Snake ile birçok konuda benzerlik gösterir.Her ikiside sert ses tonlarına sahipler, oldukça mantıklı biçimde düşünen, hemen her görevlerinde yalnız başlarına çalışmak zorunda kalan askerlerdir. Bir çok seferdede yaptıkları işlerde dürüst oldukları için suçlu durumuna düşerler.
İstisna olarak Syphon Filter: Omega Strain`de oyuncuya kendi karakterini yaratma imkanı verilmiştir.Omega Strain`de, 100`ün üzerinde silah bulunmaktadır:bıçaklar, tabancalar, pompalı tüfekler, saldırı tüfekleri, normal kalibre keskin nişancı tüfekleri, yüksek kalibreli(anti-materyal)keskin nişancı tüfekleri,hafif makineliler gibi hemen her silah tipinden bir çok model barındırmaktadır.Tek dezavantajı silahların çoğunun isim haklarının alınamamış olması ve isimlerinin olduğundan farklı yazılmasıdır.