Osmanlı İmparatorluğu döneminde 1859 yılında "Rusumat Emaneti" teşkilatı ile emrindeki "Muhafaza Memurluğu", sahillerin korunması, kaçakçılığın önlenmesi ve izlenmesi için kurulmuştur. 1886 yılında bu görev Jandarmaya bağlı Kordon Bölükleri'ne verilmiştir.
Cumhuriyet kurulmasından sonra 1932 yılında da 1917 sayılı kanunla Genelkurmay Başkanlığı'na bağlı "Gümrük Muhafaza Umum Komutanlığı" kurulmuştur.
Denizden yapılacak kaçakçılığın önlenmesi ve karasularının güvenliği bu kuruluşa verilmiştir. Gümrük Muhafaza Umum Kumandanlığı görev yönünden Gümrük ve Tekel Bakanlığı, deniz sınırlarının güvenliği ve personelin eğitimi bakımından Genelkurmay Başkanlığı bünyesinde 1956 yılına kadar bu faaliyetlerini sürdürmüştür. 1956 yılında lağv edilen bu kuruluşun görevleri Jandarma Genel Komutanlığı'na devredilmiştir.
1967 yılından itibaren Sahil Güvenlik Komutanlığı kurulması için başlatılan çalışmalar sonucunda, 9 Temmuz 1982 tarihinde 2692 sayılı kanun kabul edilerek Sahil Güvenlik Komutanlığı kurulmuştur. 1 Eylül 1982 tarihinden itibaren fiilen göreve başlayan Sahil Güvenlik Komutanlığı, 1985 yılına kadar Jandarma Genel Komutanlığı'na bağlı olarak görev yapmıştır.
1 Ocak 1985 tarihinden itibaren İçişleri Bakanlığı'na bağlı olarak görev yapmaktadır. Sahil Güvenlik Komutanlığı'nı müstakil yapıya kavuşturan kanun, 18 Haziran 2003 tarihinde yasalaşmış, 24 Haziran 2003 tarihinde Resmi Gazete'de yayımlanarak yürürlüğe girmiştir.