Asıl adı Ruhullah, soyadı Mustafavi`dir. Ayetullah lakabı dinde ehil oluşundan, Seyyid ismi Hazreti Muhammed`in soyundan gelişinden ve Musavi lakabı da soyunun Hz Musa Kazım`a dayanışından ötürü verilmiştir.
5 aylıkken babası dönemin hükümetine bağlı güçler tarafından öldürüldü. 15 yaşındayken o güne kadar kendisini büyüten annesi ve halası ölünce kimsesiz kaldı.
Çocukluğundan itibaren dini medreselerde eğitim gördü. Genç yaşından beri Şah Rıza Pehlevi rejimine karşı mücadele verdi ve devrimden önce birkaç kez yaptığı rejim aleyhindeki konuşmalar yüzünden cezalandırıldı.
1964`de ülkesinden sürüldü. Kısa süre Irak ve Türkiye`de (Bursa 1964 yılında) kaldıktan sonra geçtiği Fransa`da 1 Şubat 1979`a kadar ikamet etti. 11 Şubat`ta Şah yönetimini deviren ayaklanmaları yönetti.
1 Şubat 1979 tarihinde Şah İran`dan kaçınca İmam Humeyni de ülkesine geri döndü ve 11 Şubat 1979`da önderlik ettiği büyük mücadele zaferle sonuçlandı.
Saddam Hüseyin`in saldırması sonucu 1980-1988 arasında 8 yıl boyunca Irak`la savaştı. 1989`da Salman Rüşdi hakkında ölüm fetvası yayınladı.
`daki" target="_blank"> Humeyni kabri]
başlangıç kutusu sıra kutusu| önce = Muhammed Rıza Pehlevi (İran Şahı) | başlık= Dini Lider (İran) | yıllar= 1979 - 1989| sonra= Ali Hamaney bitiş kutusu
biyo-taslak