1963 yılında ise ormanlık bölgelere çekilerek Kızıl Kmerler olarak bilinen gerilla teşkilatını kurup organize etti. 1970'teki askeri ihtilal sonucu iktidardan uzaklaştırılan ve Kamboçya'nın kralı Sihanouk ile işbirliğine girerek askeri idareye karşı hareket başlattı ve 1975'te General Lon Nol yönetimindeki askeri idareyi devirerek başbakan oldu.
KANLI REJİM
Başbakan olmasına rağmen bütün idareyi elinde bulunduran Pol Pot, birliklerinin başkent Phnom Penh'i işgal etmesiyle asıl yüzünü gösterdi ve katliamlarını sergilemeye başladı. Şehirde yaşayan herkesi pirinç tarlalarında çalışmaya zorlayan Pol Pot, bütün okulları kapattı.Yaşlı-genç-çocuk-kadın-erkek ayırımı yapmaksızın yüzbinlerce insanı işkencehanelere dönüştürülen okullarda, komünist idareye karşı olduklarını itiraf ettirdikten sonra ölüm tarlalarına sürdü.
1979'da Vietnamlılar tarafından desteklenen Hun Sen önderliğindeki bir hareketle başkentten uzaklaştırılan Pol Pot ve Kızıl Kmerler, iktidarda oldukları süre içinde Kamboçya kaynaklarına göre yaklaşık 7 milyonluk nüfusun 3 milyon 300 binini katlettiler.
Yine bu dönemde yüzbinlerce ev, binlerce okul, hastane, Budist-Hiristiyan-Müslüman ibadethaneleri yerle bir edildi. Ve bu donemde tüm dünyada 'Bir Numaralı Düşman Kardeş' olarak yadedilmeye başlandı.
1979'dan 1997 Temmuz'una kadar Kamboçya'nın Çin ve Tayland sınırındaki ormanlık bölgede gerilla hareketine devam eden Pol Pot'un bu ülkeler tarafından desteklendiği iddia edildi.
1997 Temmuz'unda Kral Sihanouk'un oğlu Prens Ranaridh'e bağlı kuvvetlerle isbirligi yaparak başkenti ele geçirmeye çalısan Pol Pot'a bağlı Kızıl Kmerler, eski başbakan Hun Sen'e bağlı hükümet kuvvetlerince püskürtüldü.
Son basarisiz girişiminden dolayı yandaşlarınca omur boyu ev hapsine mahkum edilen Pol Pot'un sağlık durumu da gittikçe kötüye gitmeye başladı.
Ölümünden yaklaşık olarak bir hafta önce Tayland hükümeti Pol Pot'u yakaladığı halde, 'başka ülkenin içişlerine müdahale olur' ve 'Çin'le ilişkilerimiz bozulur' gerekçesiyle serbest bıraktı. Dönemin ABD Başkanı Bill Clinton ise, Pentagon'a Pol Pot'un derhal yakalanarak milletlerarası bir mahkemede yargılanması emri verdi.
Pol Pot 14 Nisan 1998 de kalp krizi sonucu öldü. Bu açıklama Kızıl Kimerler tarafından yapılmıştı ve dünya kamuoyu bu açıklamaya pek de itibar etmemişti.
Pol Pot ölümünden birkaç ay önce kendisiyle yapılan bir röportajda, milyonlarca insanın oldürülmesiyle alakalı vicdanen rahat olduğunu, bunları kendi basına yapmadığını açıklamıştı.
