M. Kemal Paşa İstanbul'a geldikten sonra, İzzet Paşa Kabinesi'nin düştüğünü görmüş ve İstanbul'da kalarak Kabine'de Harbiye Nazırı olmak, böylece ordunun terhisini, silah ve cephanenin İtilaf Devletleri'ne teslimini engelleyebilmek istemiş fakat başaramamıştır. İstanbul'da bulunduğu bu süreyi çok iyi değerlendirdi. İ.T. ileri gelenlerinin kaçmasıyle, şimdi İstanbul'da bulunanlar için de kişisel yetenekleriyle göze çarpan M. Kemal Paşa idi. M. Kemal Paşa İstanbul Hükümetleri'nin ve Padişahın İngilizlerin elinde kukla durumunda olduklarını da yakından gördüğü için, İstanbul'da kalmanın anlamı kalmadığını ve Anadolu'ya geçmenin gerektiğini görerek, Ali Fuat ve Kazım Karabekir Paşalar ve İsmet Bey ile bu konuları görüşüyorlardı. Bu arada İtilaf Devletleri'nin de durumu değişmişti. Anadolu'nun bazı noktalarında askerleri bulunmasına rağmen Anadolu gerçekte işgal edilememişti. Çünkü Birinci Dünya Savaşı'ndan galip çıkan İtilaf Devletleri kamuoyları savaştan bıkkın ve yorgundular. Anadolu'nun işgali için kısmi bir seferberlik bile bir ülkenin kamuoyunda büyük tepki yaratabilirdi. Orta Doğu'da yeni bir savaş için İngiliz kamuoyunu razı etmek imkansızdır. Bu sebeple, ileride göreceğimiz gibi Sevr Anlaşması'nı Türklere zorla kabul ettirmek görevi Yunan ordularına verilecektir. Anadolu'da oluşmaya başlayan "Müdafaa-i Hukuk" kuruluşlarının da İtilaf Devletleri tarafından pek de ciddiye alındığı yoktu. Herkes bir otorite ve silahlı kuvvetleri olmayan bu örgütlenmenin önemli bir tehlike olmayacağı, genel de Türk halkının yaygın olarak kaderine razı bir görünümde olması sebebiyle İtilaf Devletleri'ni endişelendirmiyordu. İngiltere, Padişah-Halife elde oldukça, onun aracılığı ile tüm Türklerin de elde edileceğini düşünüyordu. Padişah ve Osmanlı Hükümeti Anadolu'yu unutmuşlar, kendi çıkarları için İngiliz politikasının esiri olmuşlardı.
Fakat bu sırada Samsun, Vezirköprü, Merzifon dolaylarında Pontus Rum çetelerinin saldırıları ve Türkler'in kendilerini savunmaları dolayısıyle çıkan çatışmalar sonucu asayiş bozulmuştu. İtilaf Devletleri olayın gerçek sorumlularını değil, Türkleri suçlu gösteriyor ve Türklerin Rumları katlettiklerini ileri sürüyorlardı. İngiltere, Osmanlı Hükümetine Karadeniz yöresinde asayiş ve sükun sağlanmadığı takdirde, Mondros Ateşkesi'nin 7. ve 24. maddelerine dayanarak buraları işgal edeceğini bildiren bir nota verdi. Damat Ferit Paşa İngiliz Siyasi Temsilcisi ve sonra da Dahiliye Nazırı (İçişleri Bakanı) Mehmet Ali Bey'le durumu görüşerek soruna çözüm aramaya başladı. Mehmet Ali Bey, Ali Fuat Paşa aracılığı ile tanımış olduğu M.Kemal Paşa'nın buraya gönderilmesini önerince tarihi bir fırsat, hem de M. Kemal Paşa'nın kendisinin bile hayal edemediği bir biçimde doğdu. Türklerin direnişini kırmak isteyen İngilizler, daha 9 Mart 1919'da Samsun'a 200 asker çıkarmışlardı. Fakat yeterince askerleri olmadığı için Osmanlı Hükümeti'nin asayişi sağlamasını istiyorlardı. Samsun'a mutlaka bir komutan gönderilecekti. Bu göreve M. Kemal Paşa'nın seçilmesi için sebep vardı. M. Kemal Paşa İ.T. ye karşıydı ve Enver Paşa'nın da, rakibiydi, ayrıca Almanlara ve Türk ordusunun Almanya'nın denetimine verilmesine karşı çıkmıştı. Birinci Dünya Savaşı'na girilmesini de istememişti. Bir ara Vahdettin ile Avrupa gezisinde birlikte bulunmuştu ve Padişah da O'nun görevlendirilmesini istiyordu. Hürriyet ve İtilaf Partisi, M. Kemal Paşa'nın bu durumunu bildikleri için kendi yanlarında görmek istiyorlardı. M. Kemal Paşa'yı kazanırlarsa, ordu içinde güçlü bir dayanak elde etmiş olacaklardı. İtilaf Devletleri temsilcileri de M. Kemal Paşa için soruşturma yapıp, İttihatçı olmadığını öğrenerek güvenlerini belirtmişlerdi. Anadolu'ya mutlaka bir komutan gönderileceğine göre, ordunun sevdiği ve saydığı, Çanakkale'nin büyük kahramanı M. Kemal Paşa'nın gönderilmesi uygun görüldü. Harbiye Nazırı, M. Kemal Paşa'ya ilgili dosyayı vererek incelemesini istedi. M. Kemal Paşa, görevi hiç tereddüd etmeksizin kabul etti. Bu görev O'na, düşündüğü "Ulusal Mücadele" için büyük bir fırsat veriyordu. 30 Nisan 1919'da Harbiye Nezareti, Sadarete "Mülga Yıldırım Ordular Grubu Kumandanı Mirliva Mustafa Kemal Paşa Hazretleri Dokuzuncu Ordu Kıtaatı Müfettişliği'ne tayin olunduğunu ve Padişah'a takdim edilmesini" istedi. Sadaret atama işlemlerini yürüterek aynı gün "İrade-i seniyye" çıkması sağlandı. Harbiye Nezareti'nin isteği üzerine M. Kemal Paşa 'nın Müfettişlik bölgesine giren il ve sancaklara, emirlerinin yerine getirilmesi için genelge gönderildi. 1 Mayıs'ta Sadrazam Damat Ferit Paşa kendisini kabul ederek, kendisinden çok şeyler beklediğini belirtti. Konu Kabine'de açıldığında, Şeyhülislam ve Adliye Nazırı karşı çıktılar, fakat Damat Ferit Paşa'nın, bunun bir Padişah emri olduğunu bildirmesi üzerine vazgeçtiler. 5 Mayıs'da M. Kemal Paşa'ya tanınan yetkiler tartışılarak kabul olundu. Durum kendisine ve tüm Anadolu'ya duyuruldu.
Ankara dahil bütün Orta ve Doğu Anadolu, çok büyük yetkilerle M. Kemal Paşa'nın emir ve komutasına verildi. M. Kemal Paşa'nın müfettişlik yetkileri şöyleydi: "Dokuzuncu Ordu Kıtaatı Müfettişliği'ne ait vezaif (görevler), yalnız askeri olmayıp, müfettişliğin kapsadığı bölge için de aynı zamanda mülkidir.
1. İşbu müşterek görevler şunlardır.
a) Bölgede güvenliğin sağlanması, asayişin dengesi ve bu asayişsizliğin çıkış sebeplerinin saptanması.
b) Bölgede ötede, beride dağınık bir halde var1ığından söz edilen silah ve cephanenin bir an önce toplattırılarak uygun depolara konması ve korunması.
c) Çeşitli yerlerde bir takım şuralar (kurullar) olduğu ve bunların asker toplamakta bulunduğu ve gayri resmi bir yoldan ordunun bunları koruduğu ileri sürülüyor. Böyle kurullar var olup da asker topluyor, silah dağıtıyor ve ordu ile de ilişkide bulunuyorlarsa, kesin olarak yasaklanması ve bu gibi kurulların kaldırılması.
2- Bunun için:
a) İki tümenli Üçüncü ve dört tümenli Onbeşinci Kolordular Müfettişlik buyruğuna verilmiştir. İşbu Kolordular harekat ve güvenlik konularında doğrudan doğruya Müfettişlikle olan işlemler, yani özlük işleri, genel kuvvet vesaire gibi konularda önceki gibi Harbiye Nezareti'yle haberleşeceklerdir. Tümen veyahut Bölge Komutanlığı veya özel bir göreve atanacak subayların atanması veya değiştirilmesi Müfettişliğin uygun görmesi ve isteğiyle olacaktır. Öbür konular da lüzum ve yarar görerek Müfettişliğin verdiği yönergeyi Kolordu Komutanları aynen uygulayacaklardır. Özellikle sağlık işleri pek önemlidir. Bu konulardaki inceleme ve yapılan işlerin halka da yayılması gerekir.
b) Müfettişlik bölgesi Trabzon, Erzurum, Sivas, Van illeriyle Erzincan ve Canik bağımsız livalarını (Sancak) içine aldığından Müfettişliğin yukarıda sayılan görevleri yürütmek için vereceği tüm yönergeleri işbu illerle mutassarrıflık (il ve ilçe arası idari dağılımlar) doğrudan doğruya yerine getirecektir.
3- Müfettişlik sınırına yakın il ve bağımsız iller (Diyarbakır, Bitlis, Mamuretülaziz (Elazığ), Ankara, Kastamonu İlleri) ile Kolordu Komutanlıkları da Müfettişliğin yürüteceği görev sırasında kendi başına yapacağı başvuraları dikkate alacaklardır.
4- Müfettişliğin askeri konulara ait makam Harbiye Nezareti olmakla beraber diğer konular için ilgili yüksek makamlarla haberleşecek ve işbu haberleşmelerden Harbiye Nezareti'ne de haber verilecektir."
M. Kemal Paşa 'nın Anadolu'ya çok geniş yetkilerle gönderilmesini gerektiren Pontus olaylarının sınırlarının da ötesini kapsayan geniş bir yöreyi içine alan bu talimatnameye göre görevi, asayişin sağlanması,silah ve cephanenin toplanarak depolara konması ve korunması, çeşitli yerlerde asker toplayan kurullar olduğu iddialarının araştırılıp, doğruysa engelenmesi idi. Bu görevi başarabilmesi için emrine Üçüncü Kolordu verilmişti. Yetkileri, belirtilen tüm yöreler için yalnıca askeri olmayıp aynı zamanda mülki idi. Ayrıca bölgesi sınırlarına komşu il ve kazalara da bildirilerde bulunabilecekti. Olağanüstü geniş yetkilerle Anadolu'ya gönderilen M. Kemal Paşa'nın yanında geniş bir kurmay heyeti de görevlendirilmişti.
Bu arada M. Kemal Paşa'nın, Vahdettin'in kızı Sabiha Sultan ile ve Saray'a damat olması yolunda bir öneri yapıldığı ve M. Kemal'in bunu kibarca red ettiği ve Anadolu'ya gönderilmesinin bir bakıma İstanbul'dan sürgün anlamına geldiği de ileri sürülmekteydi.
M. Kemal Paşa. İstanbul'dan ayrılmadan önce Padişah'ı ziyaret etti. Vahdettinciler, Vahdettin'in M. Kemal Paşa'yı Ulusal Mücadele'yi yürütmesi için gizlice görevlendirdiğini ve kendisine bir "Hatt-ı Hümayun" ve büyük paralar verdiğini iddia etmektedirler. Böyle bir belge bulunmadığı gibi, M. Kemal Paşa'nın ne kadar çok para sıkıntısı çektiği bilinmektedir. Ayrıca Amasya Genelgesi'nin yayınlanmasından sonra da Padişah'ın Ulusal Mücadele'nin amansız bir düşmanı kesildiği ve yalnızca tahtını düşündüğü olayların ilerleyişi içinde açık bir şekilde görülecektir.
M. Kemal Paşa İstanbul'daki işlemlerini tamamladıktan sonra l6 Mayıs 1919 günü Şişli'deki evinden çıkıp Galata rıhtımına geldi. Rauf Bey, İngilizler'in kendisini engelliyeceğini bildirdi. M. Kemal, açıkta bekleyen Bandırma vapuruna binerek hemen yola çıkılmasını emretti. Kız Kulesi açıklarında işgal kuvvetler tarafından gemide silah ve cephane araması yapıldıktan sonra, yola devam edildi. Gemi önce Sinop'a uğradı.
M.Kemal Paşa, İtilaf Devletleri gemilerince yoldan geri çevrilmek tehlikesine karşı, karadan Samsun'a gitmeyi düşündü, fakat yol olmadığı için vazgeçti. Gemi kıyıyı izleyerek 19 Mayıs 1919 günü, Türk'e köleliği kabul ettirmek isteyenlerin düşüncelerini yıkan, çağdaş Türkiye'nin kurulmasını hazırlayan bir olayı gerçekleştirerek Samsun'a vardı. M. Kemal Paşa'nın Samsun'a ayak basması ile başlayan, Amasya, Erzurum, Sivas, Ankara'ya ulaşan yolculuk, daha sonra 9 Eylül 1922'de Yunan ordusunun denize dökülüşü ile sonuçlanacaktır. Bu yolculuğun, ulusal bağımsızlık, ulusal egemenlik ve ulusal birlik bilinçlenmesi, ümmi bir topluluktan çağdaş, laik, ulusal bir toplum ve devlet yaratılması açısından Türkiye tarihinde büyük bir yeri vardır.
