1977 yılında İstanbul Yüksek İslam Enstitüsü'nde İslam felsefesi anabilim dalında Lisansüstü çalışmalarına başlayan Mustafa Çağrıcı, ahlak felsefesi alanında hazırladığı doktora tezini tamamladıktan sonra 1982 yılında M. Ü. İlahiyat Fakültesi'nde İslam Felsefesi Anabilim Dalında Yardımcı Doçent oldu. 1990'da aynı anabilim dalında Doçent, 1996'da Profesör unvanım aldı. Aynı fakültede eğitim-öğretim ve yazım gibi akademik faaliyetleri yanında, Bölüm Başkanlığı, Anabilim Dalı Başkanlığı, Fakülte Yönetim Kurulu Üyeliği gibi idari görevlerde bulundu.
Prof. Dr. Mustafa Çağrıcı, 1986'da misafir öğretim üyesi olarak Amman'daki Ürdün Üniversitesi'nde bilimsel çalışmalar yürütmüş; ayrıca bazı Avrupa ülkelerinde alanıyla ilgili konferans gezileri yapmıştır. Halen M. Ü. İlahiyat Fakültesi Öğretim Üyeliği yanında, Kasım 2003'te görevlendirilmiş bulunduğu İstanbul Müftülüğü görevini de devam ettirmektedir.
Prof. Dr. Mustafa Çağrıcı'nın İslam felsefesi, ahlak ve genel olarak İslam ve ilahiyat konularına ilişkin kitap, makale, bildiri, konferans metni, ansiklopedi maddesi gibi çok sayıda bilimsel çalışmaları bulunmakta; bunlar arasında dört kişilik bir komisyon tarafından hazırlanmış olup T .C. Diyanet İşleri Başkanlığı yayınları arasında basılmış bulunan Kur’an Yolu isimli 5 ciltlik Kur'an-ı Kerim Tefsiri de yer almaktadır. Mustafa Çağrıcı, ülkemizde bilimsel düzeyde gerçekleştirilen bu boyutta ilk yerli ansiklopedi olan TDV İslam Ansiklopedisi'nin halen Danışma Kurulu Üyesi ve "İslam Düşüncesi ve Ahlak Bilim Dalı" Başkanı'dır. Yayımına başlandığı dönemden beri anılan eserin telif, inceleme ve redaksiyon çalışmalarına katkısını sürdürmekte olup bu ansiklopedinin yayımlanmış 30 cildinde İbn-i Sina, Gazali, Ebü'I-Berekat el-Bağdadi, İbrahim Hakkı Erzurumi gibi birçok Türk ve müslüman filozof ve bilim adamı ve/veya bunların düşünceleri, eserleri; çeşitli felsefe, ahlak, tasavvuf konuları ve problemleriyle İslam düşüncesi ve ahlak alanına giren Kur'an terimleri gibi İslam bilim ve düşüncesinin çeşitli konularına ilişkin 100’ün üzerinde yazısı çıkmıştır.
Mustafa Çağrıcı 2003 yılında İstanbul Müftülüğü görevine getirilmiş ve 27 Kasım 2011 tarihine kadar bu görevi yürütmüştür.