1858’deİzmir’de doğdu. Babası İzmir’in ünlü Hatipoğulları sülalesinden alim bir kişi olan Hoca Şakir Efendi’dir. Annesi ise İzmir’in tanınmış ailelerinden Musulluzadeler’dendir. Bektaşi geleneği içinde yer aldıkları bilinen köklü ve kültürlü bir aileden gelmektedir. Anılarında yazdığına göre, evlerinde babasının iki-üç bin cilt, annesinin ise elli cilt kitabı bulunuyordu. Çeşitli medrese lerden icazet aldıktan sonra bir süre Tıbbiye’de okudu. II. Abdülhamit döneminde siyasi suçlu sıfatıyla hakkında sürgün kararı çıkmasından sonra önce Avrupa’ya, oradan Amerika’ya gitti. II. Meşrutiyet’te yurda dönerek Meclisi Mebusan’nda Aydın milletvekilliği yaptı. Mütareke günlerinde Malta sürgünleri arasındaydı. T.B.M.M. 4. Dönem ve T.B.M.M. 5. Dönem’de Beyazıt milletvekili oldu. Kalender ve esprili söz ve tavırlarıyla meclisin havasını değiştirebilen bir kişiliğe sahipti.
Ruhen hem sarıklı-cübbeli hem de bir Jön Türk'tü. Onun çelişkilerle dolu kişiliği, Jön Türkler'in türdeşlikten ne kadar uzak oldukları hakkında fikir vericidir. II. Abdülhamid, Ubeydullah Efendi'yi (bugünkü Libya'nın güneyinde, Büyük Sahra'da bulunan) Fizan'a sürmüş, İttihat ve Terrakki ise II. Meşrutiyet'te üç defa mebus seçtirmişti. Ancak, ayrıca hapse de girdiği ("Sultan Hamid devrinde bir buçuk sene hapis, beş bucuk sene nefiy, on sene kaçak olduğumuz için tecrübe-i didegandan sayılıyoruz") II. Abdülhamit döneminde sultana jurnaller verdiği, İttihatçılar ı kıyasıya eleştirdiği de bilinmektedir. Mütareke'de iki kere tutuklanmış, sonra da Malta'ya sürülmüş, Cumhuriyet'te 1931 ve 1935'te, CHP'nin Beyazıt (Doğubeyazıt) milletvekilliğinde bulunmuş, sonra da Beyoğlu'nda Evlendirme Memuru olmuştur.
I. Dünya Savaşı esnasında Teşkilat-ı Mahsusa için çalıştığı dönem ayrı bir ilginçliktir. Afgan Müslümanlar ının İngilizler e karşı kışkırtılması planları çerçevesinde, Enver Paşa, belki İngilizleri şaşırtmak, belki de ileride Afgan Emiri ile Almanlardan ayrı olarak bir ittifak sağlamak düşüncesiyle, Kabil sefiri olarak tayin ettiği Rauf Bey (Rauf Orbay) heyetinin yanısıra bir başka heyeti de Ubeydullah Efendi başkanlığında Afganistan'a yola çıkarmıştı. İki heyetin birbirinden haberi yoktu. Aydın Mebusu ve Merdivenköy Bektaşi Tekkesi şeyhi olan Ubeydullah Efendi'nin İran-Afganistan yolculuğu çok renkli geçti. Ubeydullah Efendi'nin kurmay başkanı Teşkilat-ı Mahsusa'dan eski Basra Valisi Süleyman Şefik Paşa, heyetin askeri doktoru ise Fahri Kutlar'dı. 8 Nisan 1915'de başlayan Afganistan yolculuğu Ubeydullah Efendi'nin 24 Ağustos 1918'de İngilizler tarafından Kabil'e ulaşamadan Tahran'da tutuklanmasıyla sona erdi. İstanbul'a geri götürülerek hapsedilen Ubeydullah Efendi, 1919'da serbest bırakıldı. 1920'de yeniden tutuklanarak Malta'ya gönderildi.
Son yıllarında Beyoğlu Evlendirme Dairesi'nde nikah memurluğu yapan Mehmet Ubeydullah Efendi’nin 80 yıllık yaşamı tam anlamıyla bir maceraydı. Eski milletvekili, gezgin ve yazar Ubeydullah Efendi 11 Ağustos 1937’de öldü. Cenazesi Zincirlikuyu Mezarlığı’na, çok sevdiği dostu şair Abdülhak Hamit Tarcan’in yanına gömüldü.
Ubeydullah Efendi Türkiye Cumhuriyeti'nin çağdaş temellere dayalı hukukunun kurucusu Mahmut Esat Bozkurt'un dayısıdır.