İkinci İnönü Zaferi'nden bir süre sonra, Refet Paşa'nın, komutası altındaki birlikler üzerinde etkisinin azaldığını ve birliklerin kendisine karşı güvenlerinin sarsıldığının anlaşılması üzerine Fevzi Paşa ve İsmet Paşa Refet Paşa'nın karargahına gittiler. Mustafa Kemal Paşa da buraya geldi. Başkomutan bu cephenin birleştirilmesini belirtti. Güney Cephesi Batı Cephesi'ne bağlandı ve Komutanlığına İsmet Paşa getirildi. M. Kemal Paşa bundan sonra bir formül bularak bu işi çözmeye çalıştı. Buna göre, İsmet Paşa yalnızca Batı Cephesi Komutanı olacak, Genelkurmay Başkanlığı'nı bırakacaktı. Fevzi Paşa Genelkurmay Başkanı olacak ve Milli Savunma Bakanlığı'nı bırakacaktı. Bu Bakanlığa da Refet Bey getirilecekti. Fakat Refet Bey Genellkurmay Başkanı olmayı istedi ve Bakan olmayı kabul etmedi.
Yunanlılar Birinci ve İkinci İnönü Savaşları'nda uğradıkları yenilgiden sonra kaybolan prestijlerini ve daha önce de gördüğümüZ, Türkler'i Sevr'i kabule zorlamak için daha güçlü bir saldırıya hazırlandılar. General Papulas II. İnönü Savaşı öncesi, saldırı için elindeki kuvvetin yeterli olmadığını bildirmişti. Bu savaşlar Yunanlılara, Türk Ordusu'nun, sandıkları kadar zayıf olmadığını, disiplinli ve dirençli olduğunu ve her geçen gün daha da kuvvetlendiğini göstermişti. Ayrıca uyguladıkları strateji de yanlıştı. Yunan Genelkurmayı yeni bir strateji hazırladı. Yunan Kralı seferberlik ilan etti ve Yunanistan bütün kaynaklarını, varını yoğunu ortaya koyarak iki ay süreyle yeni saldırıya hazırlandı. Yeni saldırı planına göre Yunan ordusu, Uşak ve Bursa gruplarınu, kuşatıcı bir ilerleyişle, meydan savaşı sahasında birleştirecek ve Türk Ordusu iki ateş arasına alınıp, yok edilecekti. İnönü Savaşlarında denedikleri cepheden taarruzdan vaz geçtiler. Bu yeni planla ve seferberlik sonucu elde edilen kuvvetlerle Türk Ordusu'nu yok edeceklerine kesinlikle inanıyorlardı. Bu amaçla daha Haziran başından itibaren önlemler almaya başaladılar. Bir Yunan savaş gemisi 9 Haziran'da, Türk Ordusu'un önemli bir ikmal limanı olan İnebolu'yu topa tuttu. Diğer yandan Yunan Kralı Konstantine, yanında prensler ve danışmanlarıyla Atina'dan hareket ederek, "Yunanlılık fikrinin yenilmez kuvvetine." güvenerek 13 Haziran'da İzmir'e geldi. İzmir'de "Bizans'a ve Ankara'ya." tezahüratıyla karşılandı. Bu arada İtilaf Devletleri arabuluculuk yaparak, İzmir'in Türklere verilmesini önerdiler. Fakat Yunanistan, kabul edilmiş bulunan Sevr'i savunacağını belirterek öneriyi red etti. Genel seferberlik sonucu Yunanlıların kuvveti Anadolu'da 11 tümene ulaştı. Genel seferberlik sonucu bu büyük kuvvetle Türkleri yok edeceklerine kesinlikle inanıyorlardı. Kral bu inançla 7 Temmuz'da cepheye hareket etti.
Yunanistan bu hazırlıkları yaparken Türkiye seferberlik ilan edemedi. Kısıtlı kaynakları dolayısıyla ordunun silah, cephane, giyecek, yiyecek, ilaç, taşıt gereksinimlerini karşılayamıyordu. Almanya ve İtalya'dan silah alınması için girişimde bulunuldu, fakat parasızlık yüzünden işler gecikiyordu. Amerikalılar ise silah satmaya yanaşmıyorlardı. Türk Ordusu dört grup halinde toplanmıştı.
Yunan Ordusu'nu gücü, son duruma göre, 10 piyade tümeni, bir bağımsız tümen bir bağımsız süvari tugayı, 7 bağımsız piyade alayı ve lojistik ve muharip kuvvetlerden oluşuyordu. Bu kuvvet 136.142 insan, 66.300 tüfek, 825 makinalı, 460 top ve 3.100 süvari idi. Ayrıca deniz kuvvetleri ve hava kuvvetleri de oldukca iyi durumda idi.
Türk Ordusu'nun insan mevcudu 120.000 kadardı. 60.103 tüfek, 423 ağır makinalı tüfek, 162 top, 4 uçak vardı. Nakliye işleri kağnı arabasıyla yapılıyordu. İkinci İnönü Savaşı'nda elde edilen silah ve cephane de Türk Ordusu tarafından kullanılıyordu. Orduyu Sevk ve idare yetkisi Genelkurmay Başkanlığı'na verilmiş idi. Meclis Başkanı M. Kemal ise, bütün silahlı kuvvetlerin başı idi.
Yunan saldırısı 10 Temmuz 1921 tarihinde başladı. Türk Ordusu'nun sol kanadına yapılan bu saldırıları başarıyla genişledi. Afyon (13 Temmuz), Kütahya (17 Temmuz), Eskişehir (19 Temmuz) Yunanlıların eline geçti. Yunan Ordusu'na 2l Temmuz'da yapılan Türk karşı saldırısı ise başarısızlıkla sonuçlandı M. Kemal ordunun daha iyi şartlarda döğüşmesi için, İsmet Paşa'ya "Sakarya'nın doğusuna çekilebilineceği" tavsiyesinde bulundu. Savaş Türk Ordusu'nun aleyhine gelişiyordu. Ordunu yeniden düzenlenmesi için on günlük bir zamana gereksinim vardı. Batı Cephesi Komutanlığı Yunan Ordusu'nun silah, cephane, ateş gücü bakımından ve insanca üstün olduğunu belirterek Genelkurmay Başkanlığı'na, ordunun Sakarya'nın batısına çekilmesi gerektiğini bildirdi. 17 Temmuz'da cepheye gelen Mustafa Kemal Paşa'nın direktifine uyularak, Türk Ordusu daha fazla yıpranmadan Sakarya'nın batısına çekilmeye başladı. Böylece M. Kemal'in, ordunun yeniden düzenlenmesi için on günden fazla bir zaman kazanması ve büyük toprak kayıplarına rağmen Yunan Ordusu ile aranın açılması ve Yunanlıların bu açığı kapamak için düzenlerinin bozulmasını hazırlayan düşüncesi gerçekleşti. Böylece Eskişehir-Kütahya Savaşları 15 Temmuz'da Yunan başarısıyla sonuçlandı. Fakat 14 Ağustos'ta Yunanlıların Sakarya'dan yeniden saldırıya geçtiği tarihe kadar Türk Ordusu zaman kazanmış oluyordu.
Yunanlılar Türk Ordusu'nun işinin bittiğini, geriye kalan enkazının tamamen yok edilmesinin uzun sürmeyeceğini zan ediyorlardı. Yunan Kralı gerçek durumu ancak 29 Temmuz'da Kütahya'da yapılan toplantıda öğrendi. General Populos "Türkler yok edilmemiştir, yalnız kayıpları çoktur. Amacın elde edilmesi için Ankara ve Kızılırmak'a kadar ilerlemek lazımdır. Türkler Eskişehir'den çekildikten sonra barış istemediler." diyerek gerçeği anlattı. Bir çok Yunan generali Türk Ordusu'nun bozularak kaçtığını düşünürlerken Prens Andreas, Türklerin düzenli bir şekilde çekildiklerini belirtiyordu.
Türk Ordusu'nun yenilgisi ve geri çekilmesi çok pahalıya mal oldu. Yunan Ordusu yine Türk köylesini yakarak, halkı süngüleyerek, kadınlara tecavüz ederek, yaralı Türk askerlerinin karınlarını deşerek, sağlamlarını ise birbirlerine bağlayıp, yakarak, halkın elindeki yiyecek ve her şeyini alıp açlığa ve sefalete mahkum ederek ilerledi. Türk Ulusu'nu yıldıracağını sandığı bu şiddet, tam tersine Türk Ulusu'nun kin ve nefretle dolmasını hazırladı.
Bu yenilgi ve geri çekilme ile büyük arazi parçasının düşmana kaybedilmesi ve Yunan Ordusu'nun burada yaptığı katliam halk ve ordu üzerinde büyük moral çöküntü yarattı. Seferberlik ve ikmal bakımından verimli topraklar elinden çıkmış oldu. Orduda asker kaçagı olayları artmaya haşladı. Ordunun savaş gücü azaldı. Artık savaşlar topyekün savaşa dönüşmüştü. Türk Ulusu ölüm kalım savaşı vermekteydi.
Fakat tarihe Fevzi Paşa 'nın 22 Temmmuz 1921'de "İlerleyen Yunan Ordusu mezarına yaklaşıyor." demesi bile Meclisteki heyecanı engelleyemedi. Ordunun başarılı bir savaş verdiği günlerde, Meclis'teki hava nasıl yumuşuyor, hoşgörü ve cömertlik artıyorsa, yenilgi karşısında ise sert eleştiriler, suçlamalar, komutanlar aleyhinde suçlamalar başlıyordu. Bu yenilgi İstiklal Savaşı'nın en kritik anlarından birinin yaşanmasına yol açtı. M. Kemal'in 24 Temmuz'da gizli oturumda Meclis kürsüsünden Ankara'nın gerekirse boşaltılacağından söz etmesi büyük heyecan yarattı.M. Kemal Paşa'ya karşı olanlar "Ordu nereye gidiyor, ulus nereye götürülüyor? Bu hareketin elbette bir sorumlusu vardır; o nerededir? Onu göremiyoruz. Bugünkü acı ve feci durumun gerkek sorumlusunu ordunun başında görmek isterdik." diyorlardı. Fevzi Paşa Genelkurmay Başkanı olarak tek sorumlunun kendisi ve hesap vermeye hazır olduğunu söylemesine rağmen Meclis'te ki heyecan yatışmadı.
