Türk Deniz Müzesi; 1897 yılında, dönemin Bahriye Nazırı Hasan Hüsnü Paşa`nın emirleri, Miralay (Albay) Hikmet Bey ve Yüzbaşı Süleyman Nutki`nin büyük gayret ve çabaları sonucu Tersane-i Amire`de (Osmanlı Devlet Tersanesi Kasımpaşa, İstanbul`da) küçük bir binada "Müze ve Kütüphane İdaresi" İsmi ile kurulmuştur
Önceleri tasnifi yapılmamış, müze deposu olarak sergiye açılmıştır. 1914 yılında Bahriye Nazırı olan Cemal Paşa, denizciliğin tüm kollarında olduğu gibi müzede de reform yapmış ve müdürlüğe Deniz Yüzbaşı Ressam Ali Sami Boyar`ı getirerek, bilimsel anlamda yeniden düzenlenmesine olanak sağlamıştır. Boyar, Türk gemilerinin tam ve yarım modellerinin yapılması için "gemi model atelyesi" ve mankenlerin yapıldığı "mulaj-manken atelyesi"ni kurarak, müzeciliğin geliştirilmesine ve bugünkü halini almasına temel oluşturmuştur.
II. Dünya Savaşı `nın başlamasıyla, eserler korunma amacıyla Anadolu`ya nakledilmiştir. Savaş sonunda 1946 yılında müzenin tekrar İstanbul`a taşınmasına karar verilmiş ve müze o günün koşullarında en uygun yer olan Dolmabahçe Camii Külliyesi`ne taşınmış, yeni müze müdürü Haluk Şehsyvaroğlu idaresinde iki yıllık bir çalışmadan sonra 27 Eylül 1948 yılında ziyarete açılmıştır.1961 yılında müze Beşiktaş İskele Meydanı`nda Türk Amirali Kaptan-ı Derya Barbaros Hayrettin Paşa`nın anıtı ve türbesi yanında, bugünkü bulunduğu yere taşınmıştır.
Ana sergi binası 3 katlı olup, 1500 m² lik alana sahiptir. Binada bulunan 4 büyük salon ve 17 oda sergileme alanı olarak kullanılmış ve salonlara rüzgar yönlerinin isimleri verilmiştir. Müzede, saltanat kayıkları, bahriyeli kıyafetleri, el yazmaları, gemi modelleri,sancaklar,haritalar ve portolanlar, tablolar, tuğralar ve armalar, kadırgalar, seyir aletleri, gemi baş figürleri ile silahlar sergilenmektedir.