Patrikhanenin arkasında, Sancaklar Yokuşu`nda bulunan okul, Fransa`dan getirtilen kırmızı tuğlalardan yaptırıldığı için halk arasında “Kırmızı Okul” diye de anılmaktadır. Haliç`in her iki tarafından da görülebilen okul, kırmızı rengi ve kubbeli mimari yapısı ile hemen göze çarpar.
Tarih
Okul, İstanbul`un Türkler tarafından alınmasından önce patrikhane gözetiminde “Patrikhane Akademisi” olarak hizmet veren bir eğitim kurumu iken, fetihten sonra eğitime bir süre ara verdi. Daha sonra Fatih Sultan Mehmed`in fermanı ile eğitime devam eden okul, şimdiki binasına yerleşmeden önce “Fener Rum Okulu” adıyla İstanbul`un değişik yerlerinde eğitime devam etti.Şimdiki bina Osmanlı Rum mimar Dimadis tarafından 1881`de yapılmıştır. Kırmızı renginin yanı sıra, kendine özgü bir mimari tarzı da olan binanın tasarımında hiç bir stile bağlı kalınmamıştır. Yüksek tavanlı odaları ve salonları olan okulda, tören salonunun duvarlarını süsleyen Homeros`un İlyada Destanı`ndan esinlenen mitolojik konulu tablolar dikkate şayandır. Sütun başlıkları ve kuş figürleri ile tören salonu, bir antik Yunan tapınağının gizemini yansıtmaktadır.
Eğitim
Tarih ve edebiyat öncelikli bir eğitim müfredatı olan lisede eskiden yalnızca erkek öğrenciler eğitim almaktaydı. Bugünlerde ise okulda az sayıda öğrenci ile karma eğitime devam edilmektedir.Öğrenim dili Yunanca ve Rumcadır.Fener Rum Lisesi 4+1 yıllık eğitim vermektedir.düzenle|Nisan 2007