Ruslar Kafkasya’yı işgal ettikleri sırada Şeyh Şamil’le beraber yıllarca vatan müdafaasında bulundu. Ancak Çarlık Rusyasına karşı giriştiği bu amansız mücadele esnasında esir düştü. Esaret hayatı sırasında, Rusya’da askeri bir okulda eğitim gördü. Daha sonra Çar’ın muhafız kıt’sında görev yaptı. Türkiye’ye geçtiği zaman kolağası rütbesiyle Osmanlı ordusuna katıldı. Bir çok muharebelere katılarak başarılar kazandı. 1882 yılında liva rütbesiyle Belgrad’a gönderildi. Daha sonra Musul ve Bağdat’ta görev verilen Fazıl Mehmed Bey, buralarda gösterdiği başarılar sebebiyle önce ferik sonra da birinci ferik rütbesiyle taltif edildi.
1914’te Birinci Dünya Harbi sırasında ordudan ayrılmış bulunan Fazıl Paşa, ihtiyaç üzerine yeniden orduya katıldı. Kendisine önce Kafkas, sonra Irak cephesinde süvari komutanlığı görevi verildi. İyi ata binmesi, iyi silah kullanması ve cesareti ile tanınan Fazıl Mehmed Paşa, 1915 yılında vefat etti.Mezarı Bağdat’ta Azamiye Kabristanındadır.
Fazıl Mehmed Paşa'nın, Fazıl Ahmed Paşa ve Fazıl Mustafa Paşa gibi devlet adamları yetiştiren Köprülüler ailesi ile bir münasebeti yoktur.