330 öğrenciyle öğretime başlayan okul, 1988 yılında Çamlıca`da kurulan kampüse taşınmıştır. Lisenin bulunduğu binada ise aynı yılda Eyüboğlu Kadıköy İlköğretim Okulu açılmıştır. Bugün tüm Eyüboğlu okullarında yaklaşık 2000 öğrenci eğitim görmektedir.
1993 yılında Eyüboğlu Fen Lisesi kurulmuş ve Kampus genişleyerek eğitim olanakları 500 kişilik tiyatro salonu ve laboratuvarların bulunduğu Eyüboğlu Hall binası, Öğretmen Çalışma Merkezi (Teachers` Study) ve yaklaşık 50.000 cilt Türkçe, İngilizce, Almanca, Fransızca, İtalyanca ve İspanyolca kitap ve kaynak içeren Eyüboğlu Merkez Kütüphanesi ile zenginleşmiştir
1994 yılında kurulan Eyüboğlu Misafirhanesi, yoğun olarak kurumun yurt içi ve yurt dışından gelen konuklarını ve hizmet içi eğitim gruplarını ağırlamıştır. Misafirhane, 2001 yılından itibaren Eyüboğlu Eğitim Kurumları Genel Müdürlük binası olarak hizmet vermeye başlamıştır
1997 yılında yeni binasına geçmiş ve aynı yıl Türkiye`de ortaöğretim kurumları arasındaki ilk ve tek Gözlemevi/Uzay Araştırmaları Laboratuvarı, Eyüboğlu Eğitim Kurumları ve İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi`nin ortak düzenledikleri “Temel Bilimler Sempozyumu” ile hizmete girmiştir. Aynı yıl Eyüboğlu ve Eyüboğlu Eğitim, Kültür ve Sosyal Yardımlaşma Vakıfları kurulmuş ve Eyüboğlu okullarında eğitim öğretimi destekleme çalışmalarına başlamıştır.
1998 yılında kampüste Eyüboğlu ve Eyüboğlu Açık Spor Alanları 9. Cumhurbaşkanı Süleyman Demirel tarafından açılarak öğretime başlamıştır. 1999 yılında Açık Spor Alanları`nın 5000 m2`lik bölümü öğrencilerin spor ve oyun etkinliklerinde kullanılması amacıyla yeşil saha olarak düzenlenmiştir. 2000 yılında özellikle ilköğretim öğrenci ve velilerinin talepleriyle Eyüboğlu II. Gözlemevi, açılarak hizmete girmiştir.
2002 yılının yaz döneminde yapımı tamamlanan Eyüboğlu Spor ve Sanat Kompleksi`nde, yarı olimpik yüzme havuzu, iki adet kapalı spor salonu, okçuluk çalışma pisti, koşu pisti, drama-tiyatro, koro-müzik çalışma salonları, halk oyunları salonu, bale-step salonu, modern dans salonu, görsel sanatlar atölyeleri ve çok amaçlı salonların yanı sıra, kafeterya ve okul radyosu bulunmaktadır. Kompleks, teknolojinin sağladığı tüm olanaklarına sahiptir.
Okul öncesi eğitimin giderek artan önemi doğrultusunda, Eyüboğlu Eğitim Kurumları bünyesine 2 yeni anaokulu katılmıştır. Kurum 2004-2005 öğretim yılından itibaren Eyüboğlu Koşuyolu Anaokulu`nu, 2005-2006 öğretim yılından itibaren de Eyüboğlu Erenköy Anaokulu`nu hizmete açmıştır. 2006-2007 öğretim yılında açılan Eyüboğlu Ataşehir İlköğretim Okulu ile kurum bünyesinde hizmet veren okul sayısı 6`ya yükselmiştir