Yarı Çinli, yarı Tagalog kökenli olan Aguinaldo, öğrenimini Manila`daki Santo Tomas Üniversitesi`nde tamamlandı.Ağustos 1896`da hem Cavite Viejo belediye başkanı hem de İspanyollara karşı amansızca ve başarıyla savaşan devrimci Katipunan derneğinin yerel önderi oldu.Aralık 1897`de İspanyol genel valisiyle BiecnaBato Paktı adlı antlaşmayı imzaladı.İspanyolların yüklü bir tazminat ödemeleri ve liberal reformlara gidileceğine söz vermeleri koşuluyla Filipinler`den ayrılarak sürgünde yaşamayı kabul etti.İspanya`ya karşı savaşta ABD`ye yardımcı olmak üzere, Filipinler`e dönmek konusunda, Amerikan konsolosluklarının ve Komodor George Dewey`nin temsilcileri ile Hong Kong ve Singapur`da anlaştı.
19 Mayıs 1898`de Filipinler`e döndü ve İspanya`ya karşı mücadelenin yeniden başladığını ilan etti.12 Haziran 1898`de İspanya`dan bağımsızlığını ilan eden Filipin halkı, Aguinaldo`nun başkanlığında geçici bir hükümet kurdu.Eylülde toplanan devrim meclisi Filipin halkının bağımsızlığını onayladı.Ancak İspanya`nın 10 Aralık 1898`de imzaladığı Paris Antlaşması`yla Filipinler, Porto Riko ve Guam`la birlikte ABD`ye bırakıldı.
Filipinlilerle Amerikalılar arasında zaten dostça olmayan ilişkiler giderek daha da bozuldu.23 Ocak 1899`da Filipinler`in bir cumhuriyet olduğunu açıklayan ve gerek meclisin, gerekse Aguinaldo`nun onayını taşıyan Malolos Anayasası ilan edildi.Geçici hükümete başkanlık eden Aguinaldo devlet başkanlığına seçildi.
Manila çevresindeki Filipinlilerle Amerikalılar arasında kaçınılmaz olan çatışma 4 Şubat gecesi patlak verdi.Yiğitçe çarpışan Filipinliler gün doğduğunda her yerde yenilgiye uğramıştı.Çarpışmalar sürerken Aguinaldo ABD`ye savaş ilan etti.Bunun üzerine ABD bölgeye hemen yeni kuvvet yolladı.Filipinler hükümeti kuzeye çekildi.Kasım 1899`da Filipinliler gerilla savaşına başladılar.
Pahalıya mal olan savaş üç yıl sürdü ve General Frederick Funston`un komuta ettiği harekat sırasında General Aguinaldo`nun, [1]`un kuzeyinde Palanan`daki gizli karargahında 23 Mart 1901`de ele geçirilmesiyle son buldu.ABD hükümeti, kendisine sadakat yemini eden Aguinaldo`ya maaş bağladı; Aguinaldo da siyasal yaşamdan çekildi.
Bağımsızlığa hazırlık amacıyla Filipinler uluslar topluluğu hükümetinin kurulduğu 1935`te Aguinaldo devlet başkanlığı seçimlerinde adaylığını koyduysa da kesin yenilgiye uğradı.Japonların Filipinler`i işgal ettiği 1941`e değin siyasetle uğraşmadı.Japonlar Aguinaldo`yu ABD`ye karşı bir araç olarak kullandılar.Söylevler vermesini, yazılar yazmasını ve Filipinler gençliğinin ölümden kurtulması için Corregidor`daki General Douglas MacArthur`ı teslim olmaya çağıran bir radyo konuşması yapmasını sağladılar.
Aguinaldo Amerikalıların geri dönmesi üzerine tutuklandı.Devlet başkanı tarafından bağışlanıncaya kadar, Japonlarla işbirliği yapmakla suçlanan başkalarıyla birlikte birkaç ay Bilibid Hapisanesi`nde tutuldu.1950`de devlet başkanı Elpidio Quirino tarafından danıştay üyeliğine atanması saygınlığına yeniden kavuştuğunun göstergesidir.Yaşamının son yıllarında asker emeklilerinin sorunlarıyla ilgilendi; ülkede milliyetçiliğin ve demokrasinin gelişmesi ve ABD`yle ilişkilerin düzeltilmesi için çaba harcadı.
