Daha küçük yaşından itibaren babasının yanında önemli hizmetler gören Ekber’in ilk başarısı 1555’te Serhend’e saldıran İskender Şahı mağlup etmesidir. Komutanlar arasında zafer şerefini paylaşamamaktan doğan ihtilaf, Hümayun tarafından oğlu Ekber’e gönderilen ve kumandan olarak tebriklerini bildiren name ile bertaraf edilmiştir. Ekber, bundan sonra 1555 Temmuzunda idari işlerine atabeyi Bayram Han tarafından bakılmak üzere, Pencap valiliğine tayin edildi. Babası Hümayun’un bir kaza neticesinde ölmesi üzerine, tahta davet edildi. O gelinceye kadar, bu sırada orada bulunan Seydi Ali Reis’in tavsiyesi üzerine, Osmanlı töresine uygun olarak, Hümayun’un ölümü gizlendi ve Şubat 1556’da Ekber, Hind-Türk İmparatoru ilan edildi.
Ekber, 14 yaşında devletin başına geçtiği zaman, babasından kendisine miras kalan ülke, Bayram Hanın küçük ordusunun hakim olduğu Pencap’ın bir kısmı ile Ganj ötesindeki Katehr eyaletinden ibaretti. Delhi ile Agra, babasının ölümü ile düşmanların eline geçmişti.
Saltanatının ilk yedi senesinde harplerle meşgul olan Ekber, ilk iş olarak Delhi ile Agra etrafındaki memleketlerde hakimiyetini tesis etti. 1567’de Racputların kalesi Çitor’u zapt ve Ecmir’i fethetti. 1572’de Gücerat’a yürüyerek müstakil Ahmedabad sultanlarının sonuncusunu mağlup edip bu ülkeyi, hükümdar naibi tarafından idare edilen mümtaz bir eyalet (subah) haline getirdi. Ganj Vadisi de imparatorluk hudutları içine alındı. Ayrıca 1578’de Orisa, 1581’de Kabil, 1587’de Keşmir, 1592’de Sind ve 1594’de Kandehar alındı. Bundan sonra ordularını Dekken’in Müslüman hükümdarları üzerine tevcih ederek Berar’ı ellerinden aldı.
Ekber’in askeri ve siyasi faaliyetleri yanında özelliklerinden biri de teşkilatçı oluşudur. Geniş ölçüde ıslahata 1573’te başladı. O yıl “damgalama nizamı” konarak, bütün zeametler hükümdara bağlı devlet mülkü haline getirildiği gibi, devlet memurlarının mertebe ve dereceleri de tespit edildi. Zeamet usulünde de yeni tedbirler alındı. Erinden en kuvvetli komutanına kadar herkese devlet hazinesinden maaş bağlandı. Arazi gelirlerini kontrol için “kurubi” denilen tahsildarlar teşkilatı kuruldu.
Ekber’in en zararlı icraatlarından birisi, “Din-i İlahi” adıyla yeni, bozuk bir din kurmasıdır. Şeyh Mübarek’in riyakarane telkin ve teşvikleri altında derecesinin hükümdarlıktan yüksek olduğuna inanan Ekber, 1582 senesi yağmur mevsiminde bütün valilerin sarayda bulunmalarını fırsat bilerek dinini resmen ilan etti. İşte bu tarihten itibaren ölümüne kadar imparatorluk bünyesinde ve özellikle sarayda Ehl-i sünnet alimlerine itibar azaldı ve Ekber’in dinine temayülü olanlar baştacı yapıldı. Mecusi, Brehmen ve Hıristiyanlara hürriyetler tanırken, Müslümanlara çeşitli eziyet ve işkenceler yapılmaya başlandı. Büyük İslam alimi İmam-ı Rabbani hapse atıldı ve işkencelere maruz kaldı. Ehl-i sünnet alimlerinin layık oldukları değere kavuşmaları, Ekber’den sonra tahta çıkan oğlu Cihangir zamanında olacaktır. Ekber’in bu dini ülke çapında pek taraftar bulamadı. Yakın adamlarından tarihçi Ebü’l-Fazl’ın öldürülmesi ile bu din zayıflamaya başladı, Ekber’in ölümünden sonra ise tamamen terk edildi.
Ekim 1603’te şiddetli bir dizanteri hastalığına yakalanan Ekber, 25-26 Ekim 1603 gecesi öldü. Cenazesi İslami usullere göre kaldırıldı. Cesedi, saraydan 10 km uzaklıktaki o zamanlar Behiştabad denilen ve daha sonra İskender adı verilen bahçeye gömüldü. Halefleri tarafından üzerine büyük bir türbe yaptırıldı.
