Ebüssü’ud Efendi, önce babasından ilim öğrendi. Gençlik çağında da babasının derslerine devam ile icazet(diploma) aldı. Babasından sonra Müeyyedzade Abdurrahman Efendi, Mevlana Seyyid-i Karamani ve İbn-i Kemal Paşadan ilim öğrendi.Tahsilini tamamladıktan sonra, yirmi altı yaşında müderris oldu. Çeşitli medreselerde müderrislik yaptı. 1532’de Bursa kadılığına bir sene sonra da İstanbul kadılığına tayin edildi.Üç sene İstanbul kadılığı yaptı. 1537’de Rumeli kazaskerliğine tayin edildi. Sekiz sene bu vazifede bulundu.
Ebüssü’ud Efendi, Kanuni Sultan Süleyman Hanın sevip değer verdiği, pek kıymetli bir alimdi. Kanuni, onu bütün seferlerinde yanında bulundurdu. 1541’de Padişah’ın emri üzerine, Budin’in ve Orta Macaristan’ın tapu ve tahrir işlerini yaptı. 1545 senesinde elli beş yaşındayken, Fenarizade Muhyiddin Efendiden sonra şeyhülislam oldu.
Kanuni Sultan Süleyman ile Yavuz Sultan Selim Han'ın saltanatları zamanında 30 sene şeyhülislamlık yaparak din ve devlete üstün hizmetlerde bulundu. Osmanlı şeyhülislamları arasında en çok bu makamda kalıp hizmeti geçen Ebüssü’ud Efendidir.
Süleymaniye Camii'nin temel atma merasiminde, mihrabın temel taşını Ebüssü’ud Efendiye koydurtan Kanuni Sultan Süleyman Han, onu çok sever ve her önemli işinde onun fetvasına müracaat ederdi. Devrinde alimler arasında bir mesele hakkında farklı hüküm ortaya çıksa, Ebüssü’ud Efendinin tarafını tercih ederdi. Ebüssü’ud Efendi, o devirde, devlet kanunlarını dinin hükümlerine uygun şekilde telif etmiştir. Tımar ve zeametlere dair mevzularda verilen kararlar, genellikle Ebüssü’ud Efendinin fetvalarına dayanmıştır. Mülazemet usulü de onun zamanında tesis edilmişti. Kanuni, Arazi Kanunnamesi’ni de Ebüssü’ud Efendiye hazırlatmıştır.
Kanuni Sultan Süleyman Hanın cenaze namazını Ebüssü’ud Efendi kıldırdı. Padişah’ın vefatı üzerine bir mersiye yazdı. Bu mersiyesi de, edebiyattaki yüksek derecesini göstermiştir.
Ebüssü’ud Efendi, sekiz sene de İkinci Selim Han zamanında şeyhülislamlık yaptı.
Ebüssü’ud Efendi, 25 Ağustos 1574 tarihinde 84 yaşında vefat etti.İslam aleminde çok tanınmış olduğundan vefatı büyük bir üzüntüyle karşılandı.Cenaze namazını Kazasker Muhşi Sinan Efendi, Fatih Camiinde kıldırdı. Cenaze namazı için o devrin alimleri, vezirler, divan erkanı ve halk, büyük bir kalabalık halinde toplandı. İkinci Selim Han, Ebüssü’ud Efendinin vefatından dolayı pek ziyade üzülmüştür.
Ebüssü’ud Efendi dini hükümleri çok iyi bilen, sağlam karakterli, kimseye haksızlık etmeyen, hatır için asla söz söylemeyen, gayet tedbirli bir alimdi. Devrin durumunu, şartlarını, halkın örf ve adetlerini dikkate alır, işlerinde dinin emirlerinden asla dışarı çıkmazdı.
İstanbul ve İskilip’te hayrat yaptırdı. İskilip’te, babası Muhyiddin Mehmed İskilibi’nin ve annesinin medfun bulunduğu türbenin yanında bir cami ve bir medrese, o civarda bir de köprü yaptırmıştır. İstanbul’da, Eyüp’te bir medrese yaptırdı. Kabri, bu medresenin yanındadır.Yine İstanbul’da Şehremini ve Macuncu semtlerinde birer çeşme ve hamam yaptırmıştır. Macuncu’da bir konağı ve Sütlüce’de bahçeli bir yalısı vardı.Tefsirini bu yalıda yazmıştır.
Osmanlı sultanlarından İkinci Selim, Üçüncü Murad ve Üçüncü Mehmed’in zamanlarında hizmet veren; Ma’lulzade Seyyid Mehmed,Abdülkadir Şeyhi, Hoca Sa’deddin, Bostanzade Mehmed Sun’ullah Efendi, Bostanzade Mustafa, meşhur şair Baki Efendi, Hace-i Sultani Ataullah Efendi, Kınalızade Hasan ve Ali Cemali Efendinin oğlu Fudayl Efendi gibi pekçok alimin hocasıdır.
Eserleri: Ebüssü’ud Efendi, tefsir, fıkıh ve diğer ilimlerde pekçok eser yazmıştır. Bazıları şunlardır:
İrşadü’l-Aklisselim: Meşhur tefsiridir. Ma’ruzat, Hasm-ül-Hilaf, Gamzetü’l-Melih, Kevakib-ül-Enzar, Fetvalar, Kanunnameler, Münşeat, mektupları, şiirleri ve diğer eserler.