Buhara idaresinin merkezi olan şehrin bulunduğu yerde eski devirlerden beri şehirler kurulmuştur. Eskiden beri idari bir bölge olan Buhara’nın merkezi Numicker (Bumickes) idi. Sanskritçede manastır manasına gelen Viharanın Türkçedeki şekli buhardan türemiş olması mümkündür. Buhara idaresinin merkezi olan Numickes şehrinde kurulan bir "Vihara" (manastır) sebebiyle şehre bu ad verilmiştir.
İslamiyetten önce İranlıların Türklerin veya başka milletlerin hakimiyetinde kalmış olan Buhara’nın önemli bir ilim, kültür ve ticaret merkezi haline gelmesi, Müslümanlar tarafından feth edilmesinden sonradır. Hazret-i Muaviye’nin halifeliği zamanında Abdullah bin Ziyad tarafından fethedilmeye teşebbüs edildiyse de, şehrin hükümdarı olanBidun Hatun bazı şartlarla sulh antlaşması yaptı. Bu antlaşmaya göre yıllık 1 milyon dirhem vergi ve 200 muharip vermeyi kabul etti. İki yıl sonra hazret-i Muaviye’nin Horasan Valisi Said bin Osman bin Affan bu antlaşmayı yenileyerek Buhara’yı İslam hakimiyetine aldı. Ancak buradaki İslam hakimiyeti devamlı olamadı. Şehir zaman zaman Müslümanların kontrolünden çıktı. Emevilerin Horasan valisi Kuteybe bin Müslim 706-709 yılları arasında düzenlediği seferler neticesinde Buhara’yı tamamen fethetti. Kuteybe binMüslim İslamiyetin yayılması için geceli gündüzlü çalıştı. Birçok mescid yaptırdı. 712 senesinde Kale içinde bulunan puthanenin yerine büyük bir cami yaptırdı. Bidun Hatun’un oğlu Tuğşade Buhara Valisi tayin edildi. İslamiyeti kabul etmekle şereflenen Tuğşade otuz yıl Buhara’da hüküm sürdükten sonra 739’da Semerkant’ta iki kişi tarafından öldürüldü. Onun zamanında henüz Müslümanlığı kabul etmemiş olan Türkler, Buhara’yı birkaç defa ele geçirdiler. Tuğşade’den sonra oğlu Kuteybe ve kardeşi Bünyat Buhara’yı idare etti.
Emeviler zamanında ve Abbasilerin ilk devirlerinde Buhara’da yerli hükümdardan başka Merv’deki Horasan valisi tarafından tayin edilen bir emir veya amil bulunuyordu. Horasan Valisi olan Fazıl bin Süleyman et-Tusi, Buhara şehrinin etrafını düşman hücumlarından korumak için surlarla çevirdi (782). Bulunduğu yer itibariyle Horasan vilayet merkezi Merv’le yakın ilişki içinde bulunanBuhara, Horasan valileri merkezlerini Merv’den Nişabur’a taşıyınca Maveraünnehr’in diğer kısımlarının idaresinden ayrıldı. 874 senesine kadar Horasan’daki Tahirilere bağlı bir vali tarafından idare edilmekteydi. Buhara Emiri Yakub bin Leys es-Saffar Tahirileri ortadan kaldırdı ve kısa bir müddet kendisini Horasan hükümdarı ilan etti. Adına hutbe okundu. 874 senesinde şehir halkı ile ulema Samanilerden Semerkant hakimi Nasr bin Ahmed’e başvurarak şehri ona teslim ettiler. Nasr da küçük kardeşi İsmail’i Buhara valiliğine tayin etti. Böylece Buhara 999 yılına kadar Samaniler tarafından idare edildi.
Buhara şehri Samanilerin idaresinde kaldığı bu dönemde tarihinin en parlak devrini yaşadı. Büyük bir ilim, kültür ve ticaret merkezi oldu. 892 yılında Nasr bin Ahmed ölünce yerine İsmail geçti ve Buhara’da yerleşti. Böylece Buhara, Samanilerin devlet merkezi oldu. İsmail 900 yılında Saffarilerden Amr bin Leys’i yenince Abbasi halifesi tarafından Horasan emiri olarak tanındı. Bu sayede Buhara zengin ve büyük bir devletin merkezi oldu. Samani hükümdarları alim, edip ve şairleri himaye ettikleri için çok sayıda edip ve şair Buhara’da toplandı. Birçok saray, medrese, cami ve mescid inşa edildi. Buralardan yetişen alimler İslamiyetin yayılmasına hizmet ettiler. İlmin yanında sanayi de gelişti. Özel kumaşlar dokunan Darü’t-Tıraz yaptırıldı. Buhara’da dokunan kumaşlar, halılar, kilimler, yünlü ve pamuklular, seccadeler çeşitli ülkelere ihraç edildi. Buhara ve etrafında ziraat, ticaret ve sanayi çok gelişti, çok büyük çarşılar inşa edildi.
Karahanlılardan Harun Buğra Han 992’de Buhara’yı geçiçi olarak işgal etti. Karahanlı İlig Han Nasr bin Ali 999 senesinde Buhara’yı zabtedip Samani Devletine son verdi. Bunun üzerine şehir eski siyasi önemini kaybetti. Karahanlılar devrinde Buhara’yı valiler idare etti. Bir buçuk asır boyunca şehre hakim olan Karahanlı hükümdarlarının ancak birkaçı Buhara’da oturdu. Bunlar bazı yeni binalar inşa ettirdiler. Buğra Han İbrahim bin Nasr 1044-45’te Fatımiler lehine başlatılan şii propagandasına karşı çıktı. Buhara’daki İsmaililerin öldürülmesini emretti. On birinci yüzyılın ikinci yarısında Şemsülmülk Nasr bin İbrahim Han yeni bir Cuma Camii, şehrin güneyinde de Şemsabad denilen bir saray yaptırdı ve bir av sahası meydana getirdi. ArslanHan devrinde Buhara en sakin ve huzurlu dönemlerini yaşadı. Bu hükümdar kale ve surları yeniden yaptırdı. Cuma Camiini ve iki yeni saray inşa ettirdi.
Buhara, İslam orduları tarafından fethedildikten sonra ilk defa 9 Eylül 1141 tarihinde meydana gelen Katvan Savaşından sonra putperest olan Karahıtayların idaresine geçti. Bununla beraberBuhara’da Sadr ünvanlı hükümdarların nüfuzu devam etti. Harezmşah Alaeddin MuhammedTekiş bin İlarslan 1182’de Buhara’ya bir sefer düzenledi. 1207 senesinde KarahıtaylarDevletine son vererek Buhara’yı hakimiyeti altına aldı. Harezmşahlar döneminde Buhara mamur hale getirildi. Şehrin çeşitli yerlerine medreseler, kütüphaneler ve camiler yapıldı, şehrin kalesi tamir ettirildi. Harezmşahların otoritesi bir müddet daha devam etti. Alaeddin Muhammed Tekiş 1217-18’de Buhara’da Abbasi halifesi Nasır Lidinillah adına okunmakta olan hutbeye son verdi.
Moğol hükümdarı Cengiz Han 1220 senesinde Buhara’yı kuşattı. Üç gün müddetle yaptığı şiddetli hücumlar neticesinde kaleyi almak mümkün olmadı. Bu sırada kale savunmasını lüzumsuz sayan vali ve bazı komutanlar hücuma karar verdiler.Kuşatmanın üçüncü günü ani bir taarruzla Moğol çemberini yarıp çıktılar. Fakat Ceyhun Nehri kıyısına varmadan Moğol süvarileri tarafından imha edildiler.
Cengiz Han, oğlu Tuli ile şehre girdiği zaman, ihtişamına hayran kaldığı Ulu Camiye atı ile girdi. Âlimlere çeşitli hakaretlerde bulundu. İçki sofrası hazırlatıp esir kadınları raksetmeye zorladı. Bu sırada, Kur’an-ı kerimlerin ve büyük İslam alimlerinin yazdığı değerli kitapların muhafaza edildiği dolaplar ve sandıklar,Moğol askerlerince yağmalandı. Kur’an-ı kerimler ayaklar altına alındı. Bir kısmı parçalanarak yakıldı. O sırada camide bulunan alimler, içleri kan ağlayarak bu durumu seyrediyorlar ve gadab-ı ilahiyyeye uğradıklarına inanıyorlardı. Cengiz, daha da ileri gitti ve ilme olan düşmanlığının nişanesi olarak oradaki bütün alimleri öldürttü. Anbarlarda bulunan zahirelere el koydu. Şehirde ve hisardaki kadınlar ve ihtiyarlar dahil herkesin, üzerlerindeki elbiseden başka bir şey götürmemek üzere Namazgah Sahrasına çıkartılmasını istedi. Erkekler, Semerkant muhasarasında kullanılmak üzere orduya alındı. Kadınlar askerlere dağıtıldı ve şehir baştan başa yağmalandı.
Bir zamanlar yalnız Maveraünnehr’in değil, bütün İslam aleminin en meşhur ilim ve kültür merkezlerinden olan alim ve evliya yatağı Buhara, yanıp yıkılmış, kale ve surları yerle bir edilmiş, halkı darmadağın olmuş ve bir enkaz yığını haline gelmişti. Bu hadiseleri, Horasan’a kaçan bir Buharalı kısaca; "Moğollar yıktılar, yaktılar, öldürdüler ve gittiler." diyerek veciz bir şekilde dile getirmiştir.
Cengiz’in yerine geçen Ögeday, Buhara’yı tekrar mamur hale getirdi. 1238 senesinde Buhara halkı Moğollara karşı isyan ettilerse de, isyan kısa sürede bastırıldı. 20.000 kişi öldürüldü. Moğolların egemenliği altında Buhara’nın nasıl idare edildiği ve durumu hakkında kaynaklar yeterince bilgi vermemektedir. Şehir; 1273’te İran Moğolları, 1276 yılında da Çağataylar tarafından ele geçirilerek yağmalandı. Buhara hiçbir zaman böyle üst üste felakete uğramamıştı. Şehirde yedi sene canlı varlık bulunmadı. 1283 senesinde Emir Kayd ve Mes’ud Bey, Buhara’yı imar ederek, başka beldelerden getirdikleri halkı yerleştirdiler.Mes’ud Bey Mes’udiye Medresesini yaptırdı. 1316 senesinde, Çağatay prensi Yasavur tekrar Buhara’ya saldırarak şehri yağmaladı. Halkın büyük kısmını alıp götürdü ve zorla Ceyhun bölgesine yerleştirdi.
Çağatay Hanedanı ve daha sonra Timur ve Timuroğulları devrinde Buhara, Maveraünnehr’in siyasi hayatında mühim bir mevkiye sahib olmamıştır. Bu devirde Buhara’da meydana gelen en önemli olay Behaeddin Nakşibend tarafından kurulan Nakşibendiyye tarikatının ortaya çıkmasıdır. Buhara ve civarında insanlara İslamiyetin emir ve yasaklarını anlatan Şah-ı Nakşibend Behaeddin Buhari’nin talebelerinden Hace Muhammed Parisa, Buhara’da çok etkili oldu. Bu devirde yetişen Uluğ Bey de Buhara şehrinin merkezinde bir medrese yaptırdı. Özbekler, 1500 senesinde Buhara’yı ele geçirdiler. Özbeklerden MuhammedŞeybek, Şeybaniler Hanedanına Buhara’yı payitaht yaptı. Buhara, Şeybanilerden Ubeydullah bin Mahmud ile Abdullah bin İskender Han zamanında, siyasi ve manevi hayatın merkezi durumuna geldi. Şehir bu durumunu bölgede kurulan Astırhanlar (Estarhanlar) ve Mangıthanlar döneminde de devam ettirdi.
Mamur olduğu devirlerde belli başlı ilim merkezlerinden biri olan Buhara’da yetişen binlerce alimden bazıları şunlardır:İmam-ı Buhari, Hakim Tirmizi, Muhammed bin Selam el-Bikendi, Abdullah bin Muhammed el-Müsnedi, Muhammed bin Yusuf el-Bikendi, İbrahim bin el-Eş’as, İmam-ı Muhammed Şeybani, Yusuf-i Hemedani, Abdülhalık-ı Goncdüvani,Şah-ı Nakşibend Behaeddin Muhammed bin Muhammed Buhari,Hace MuhammedParisa, Seyyid Emir Külal, Mahmud Buhari.
Buhara, verimli ve bereketli bir araziye sahipti. Ticari faaliyetler çok gelişmişti.MüslümanlarBuhara’yı fethettikten sonra, pekçok cami, medrese ve kütüphane gibi mimari eserler yaptılar. Yuvarlak tuğla payeler üzerine sivri kemerli ve kubbeli bir yapı olan ve zamanımıza kadar ulaşanHazerDegaron Camii, Karahanlılar tarafından yaptırılmıştır.Her kubbenin etrafı tonozlarla çevrili olan cami, 1121 senesinde yapılmıştır. Kuli Hatun ve Hakim Tirmizi türbeleri de zamanımıza kadar ulaşan eski eserler arasında olmakla birlikte, bakımsızlıktan yıkılmaya yüz tutmuşlardır.
Ayrıca Uluğ Bey tarafından yaptırılan Uluğ Bey Medresesi, on beşinci asır mimarisinin güzel bir örneğidir. 1536 senesinde yapılan Mir Arab Medresesi ile 1652 senesinde yapılan Abdülaziz Han Medresesi, on altıncı asır mimarisini çok güzel temsil eder. Buhara’da son medrese, 1807 senesinde Niyazi Kul tarafından yaptırılan Dört Kuleli Medresedir.
Rusya’da komünist rejim, iktidarı ele geçirdikten sonra, yönetimi altında bulunan Maveraünnehr’de birçok ibadet yerlerini yıktılar.Yalnız Buhara vilayetinde 360 cami ve mescid yıktırıldı. Uluğ Bey Medresesini bıraktılar ki, o da din aleyhtarlığı için müze olarak kullanıldı. Buhara kütüphanelerinde bulunan binlerce Kur’an-ı kerim ve hadis kitapları başta olmak üzere, bütün dini eserleri toplayıp, yakan komünistler, sokaklarda yırtarak ayaklar altında çiğnediler.Halkın evlerinde bulunan dini, milli ve tarihi kitaplara varıncaya kadar toplayıp imha ettiler.Kitapları teslim etmek istemeyen binlerce Müslümanı da hunharca şehid ettiler.
Rus işgalinden sonra başkenti Taşkent olan Özbekistan Sovyet Sosyalist Cumhuriyetinin bir şehri haline gelen Buhara’da Sovyet idaresine karşı başlatılan silahlı mukavemet 1926 yılına kadar sürdü. 1923 sonunda Buhara hükümeti tamamen Rus kontrolü altına alındı. Halkın büyük bir kısmı Afganistan’a, geri kalanı da kırsal alanlara ve Özbekistan şehirlerine kaçtı. 1930 ve 1940’lı yıllarda da baskılar sebebiyle bir göç daha yaşandı. Şehrin nüfusu tamamen azaldı. Fakat İkinci Dünya Savaşından sonra hızlı bir artış gösterdi. 1939’da 50.000 iken 1969’da 69.000’e, 1970’te 112.000’e yükselmiş günümüzde ise 200.000’i aşmıştır. 1950’lerde doğal gaz rezervlerinin bulunmasıyla Buhara’nın gelişmesi hızlanmıştır. Buhara topraklarından elde edilen doğal gazın boru hattıyla Urallara, Avrupa’nın bir kısmına ve diğer Orta Asya ülkelerine nakledilmesi, şehrin ticari ve ekonomik yönden önemini arttırmaktadır. Buhara’nın bugünkü nüfusu; Özbekler, Türkmenler, Kırgızlar, Kazaklar, Tatarlar, Uygurlar, Tacikler, Ruslar, Kafkasyalılar, Ukraynalılar ve Yahudilerden meydana gelmektedir. Buhara şehri Özbekistan’ın bağımsızlığını kazanmasından sonra tekrar ilim, kültür ve ticaret merkezi olmaya namzet görünmektedir.
