Muhabere Kurmay Albay Bekir Kalyoncu, Kara Harp Okulu Öğrenci Alay komutanlığı yaptı. Kalyoncu, 30 Ağustos 1997 tarihli Yüksek Askeri Şura kararı ile Tuğgeneralliğe yükseltildi.
Dönemin Cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer tarafından onaylanan Yüksek Askeri Şura kararı ile 30 Ağustos 2001 tarihinde rütbesi Tümgeneralliğe yükseltildi.
Genelkurmay Başkanlığı Plan ve Harekat Daire Başkanlığı görevine getirildi.
2005 yılında Ankara Garnizon Komutanlığına vekalet etti.
Yüksek Askeri Şura`da alınan kararlarla, 30 Ağustos 2005`te korgeneralliğe yükseldi. 2003 yılında meydana gelen ve 11 Türk askerinin ABD`li askerler tarafından müsadere edildiği "Süleymaniye baskını" olayının sonuçlandırılıp askerlerin serbest kalması için ABD`lilerle yürütülen müzakerelerde oynadığı aktif rolden ötürü, basında "yıldızı parlayanlar" arasında sayıldı http://www.milliyet.com.tr/2005/08/05/siyaset/asiy.html Milliyet gazetesi, 5 Ağustos 2005 Başbakanlık Askeri Başdanışmanlığına getirildi.
16 Ağustos 2007`de Kara Kuvvetleri Eğitim ve Doktrin Komutanlığı Muharebe ve Muhabere Destek Eğitim Komutanlığı görevine atanan Korgeneral A. Cahit Sarsılmaz, 7. Kolordu Komutanlığı görevini Korgeneral Bekir Kalyoncu`ya devretti.
Kalyoncu, Türk Silahlı Kuvvetleri`nin 21 Şubat 2008`de başlattığı Güneş Harekatı`nın sorumlu komutanlığını yapmıştır.
Demeç, konuşma ve açıklamalarından
Çevre ve doğa hassasiyeti
Genelkurmay Başkanlığı Harekat Başkan Vekili Tümgeneral Bekir Kalyoncu imzası ile 2004 yılının Ağustos ayında Ege Üniversitesi Tabiat Tarihi Uygulama ve Araştırma Merkezi Müdürlüğü`ne gönderilen cevap yazısında şöyle denildi: cquote|Hava Kuvvetleri Komutanlığı`nca, Çevre ve Orman Bakanlığı ile EÜ tarafından yapılan incelemelerin sonuçları dikkate alınarak, 2`nci Ana Jet Üs Uçuş Eğitim Merkezi Komutanlığı tarafından kullanılan rotalar, İzmir Gediz Deltası Av-Yaban Hayatı Koruma Sahası`nı (İzmir Kuşcenneti) ihlal etmeyecek şekilde yeniden düzenlenmiş ve Çiğli meydanı görerek, trafik paterni, anılan sahayı temizleyecek şekilde daha batıya kaydırılmıştır.Ayrıca, İzmir Gediz Deltası Av Yaban Hayatı Koruma Sahası`nın mecburi haller dışında kullanılmaması hususunda askeri pilotların uyarılması için (tahditli saha) olarak ilan edilerek, havacılık haritalarına işaretlenmesi konusunda Hava Kuvvetleri Komutanlığı`nca ayrı bir çalışma başlatılacaktır.`