Aytekin Kotil 1934 yılında Rize`de doğdu. 1956 yılında girdiği İstanbul Üniversitesi Hukuk Fakültesi`ni 1960 yılında bitiren Kotil İstanbul Barosu`na bağlı olarak İstanbul Barosu Sicil Kaydı serbest avukatlık yaptı. 1961 yılında eşi Görsev hanımla evlenen Kotil`in üç çocuğu vardır: Dilek, Serhan ve Gökhan.
1973 yılında Ali Topuz`un milletvekilliğine seçilmesinden sonra CHP İstanbul İl başkanlığına getirildi. CHP içinde "ortanın solu" politikasının temsilcilerinden olan Kotil 1977 yılındaki yerel seçimleri kazanarak 14 Aralık 1977`de İstanbul belediye başkanlığı görevine başladı. Halkçı, toplumcu bir belediyecilik anlayışıyla belediyecilik yapan Kotil 12 Eylül darbesi nedeniyle Milli Güvenlik Konseyi kararıyla 12 Eylül 1980 günü görevinden alındı.
1987 yılında SHP`den İstanbul milletvekili olarak TBMM`ye girdi. 1989 yılında TBMM Başkan vekilliği görevine seçildi. 1991 yılında erken seçime gidilmesi üzerine tekrar milletvekili olmak isteyen Kotil, parti içindeki önseçimleri kazanamayarak listeye giremedi.
Karaciğer rahatsızlığından kaynaklanan solunum ve dolaşım yetmezliği nedeniyle 9 Ağustos 1992 günü İstanbul`da ölmüştür.