Derneğin kurucuları arasında Ord. Prof. Dr. Hıfzı Veldet Velidedeoğlu, Doç Dr. Bahriye Üçok, Prof. Dr. Muammer Aksoy bulunmaktadır.
1 Temmuz 2008 sabahı, Ergenekon örgütü soruşturması kapsamında İstanbul Cumhuriyet Savcısı Zekeriya Özün talimatıyla Ankara Emniyet Müdürlüğünün Terörle Mücadele Şubesi tarafından Atatürkçü Düşünce Derneğinin Ankara Batıkentteki genel merkezinde araştırma yapılmış ve derneğin genel başkanı eski Jandarma Genel Komutanı emekli orgeneral Şener Eruygur, oturduğu askeri lojmanda gözaltına alınmıştır.