İlk profesyonel futbol hayatına FC Basel takımında başladı. Ertesi sezon FC Thun`a transfer oldu. Burada attığı 7 gol ile dikkatleri üzerine çekti ve FC Lucerne takımına geçti. FC Lucerne`de attığı 15 gol ile gelecek vaad ettiğini gösterdi ve Servette FC takımına transfer oldu. Asıl patlamasını burada yaparak kaydettiği 36 gol ile Fransız kulüp Rennes`e transferi gerçekleşti. 3 sezon içinde Rennes`de 100 maça çıktı ve 47 gol kaydetti. 2006 sezonunda Almanya`nın köklü kulüplerinden Borussia Dortmund`a 4 yıllık bir sözleşme imzalayarak transfer oldu.
Milli Takım
Milli formayı ilk kez 24 Mart2001`de Yugoslavya ile İsviçre arasında oynanan ve 1-1 sona eren maçta giydi. İsviçre`nin 2004 Avrupa Futbol Şampiyonası`na katılmasında gruplarda attığı 5 golle büyük pay sahibi oldu. Ancak turnuvada İngiltere-İsviçre arasında oynanan karşılaşmada, Steven Gerrard`a tükürdüğü için 3 maç ceza aldı ve turnuvada milli takımını yalnız bıraktı. Ardından 2006 Dünya Kupası Elemerinde İsviçre`nin 6 golüne imza atarak turnuvaya katılma vizeyi almasında yine en büyük rolü oynadı. Play-off`a kalan İsviçre, Türkiye ile eşleşti ve Türkiye`de oynanan ve 4-2 Türkiye`nin kazandığı rövanş karşılaşmasında İsviçre`yi 40.saniyede öne geçiren penaltı golüne imza attı. 2006 Dünya Kupası`nda Togo ve Güney Kore maçlarında attığı toplam 2 gol ile dikkatleri üzerine çekti. 56 milli maçta görev alan Frei, 32 gole imza attı. İsviçre Milli Takımı formasıyla en çok golü bulunan Kubilay Türkyılmaz`ın rekorunu geçmesine kesin gözüyle bakılan futbolcu, 22 Mart 2007`de İsviçre`nin teknik direktörü ``Kubi Kuhn`` tarafından milli takım kaptanlığına yükseldi.
