Devlete karşı isyan eden Vidin voyvodası Pazvandoğlu Osman’ın kuvvetlerini yenince, şöhreti etrafa yayıldı. Bu zaferden dolayı rütbesi yükseltildi. Tirsinikli İsmail Ağa ölünce, Rusçuk ayanlığına getirildi (1806). Bu görevde iken Deliorman ayanı Yılıkoğlu Süleyman’ın ayaklanmasını bastırdı. Rusların Hotin’i alıp, İsmail Kalesini kuşattıkları sırada gönderdiği kuvvetlerle kaleyi muhasaradan kurtardı. Bükreş üzerine yürüyen Rus kuvvetlerini durdurdu. Bu başarıları sonunda vezirlik rütbesiyle, daimi Silistre Valiliği ve Tuna Seraskerliği Vazifesi verildi.
Alemdar Mustafa Paşa, düşmanlarla devamlı temasları neticesinde, devletin askeri ve idari yapısında ıslahatın gerekli olduğuna kesin inananlardandı. Üçüncü Selim Han, ıslahat hareketlerine başlayacağı sırada Kabakçı isyanı ile yeniçeri zorbaları tarafından tahttan indirildi. Yerine Sultan Dördüncü Mustafa padişah oldu. Sultan Üçüncü Selim’i seven, ıslahat hareketlerinin yapılmasını arzu eden ve devletin çeşitli yerlerinde görevler yapmış olan Galib, Refik, Ramiz, Behiç ve Tahsin efendiler Alemdar’ın himayesi altına sığındılar. Tarihte “Rusçuk Yaranı” diye geçen bu altı kişi Üçüncü Selim’i yeniden tahta çıkarmak için çalışmalara başladılar. Alemdar Mustafa Paşa, 19 Temmuz 1808’de Kabakçı Mustafa’yı cezalandırmak için İstanbul’a geldi. Zorbalar ortadan kaldırılmaya, fesatçılar sürülmeye başlandı. Onun bu faaliyetlerinden memnun fakat nüfuzunun artmasından endişelenen sadrazam Çelebi Mustafa Paşa, kendisinden geriye dönmesini isteyince, Alemdar 28 Temmuz günü on beş binden fazla askerle Babıali’yi bastı. Sadrazamın mührünü alarak, ordugahını gönderdi. Sultan Selim’i tahta çıkarmak için saraya gitti. Fakat orada gerekli tedbirler alınmadığı için, Sultan Üçüncü Selim zorbalarca şehit edildi.
Hizmetkarlarının yardımı ile kurtulan Şehzade Mahmud, Alemdar tarafından padişah ilan edildi. Sultan İkinci Mahmud, padişah olur olmaz, Alemdar’a sadaret mührünü verdi. Alemdar, ıslahata tarafdar olmayanları, isyancıları temizledi. İstanbul’un asayişi sağlandı. Bu sırada Rumeli ve Anadolu’da valiler başlarına buyruk olmuşlardı. Anadolu ve Rumeli’de vazifeli bütün ayanlar devlet işlerini görüşmek üzere İstanbul’a davet edildi. Görüşmeler neticesinde ayanlar ile devlet arasında kurulacak münasebetlerin şeklini ihtiva eden bir senet imzalandı. Bu senede “Sened-i ittifak” denildi (Bkz. Sened-i İttifak).
Alemdar Mustafa Paşa, daha sonra askeri ıslahata başladı. “Sekban-ı Cedid” ismiyle talimli bir askeri teşkilat kurdu. Selimiye Levend kışlaları tamir edilerek askerler buraya yerleştirildi. Bu durum yeniçerileri rahatsız etti. Ayrıca sanatla uğraşan askerleri talime mecbur etmesi hoşnutsuzluğu arttırdı."Alemdar vakası” olarak tarihe geçen isyandan önceki gece ziyafetten dönen Paşa’ya, maiyeti, yol açmak için halkı kamçı ve sopalarla dağıttılar. Bu esnada yaralananlar, kahve kahve dolaşarak yeniçerileri isyana teşvik ettiler. Gece yarısı kışlalarından hareket eden 400 kadar isyancı yeniçeriye, yağmacılık hırsıyla pek çok serseri katıldı. İsyancılar önce yeniçeri ağası Mustafa Paşayı öldürdüler. Sonra sadrazam Alemdar Mustafa Paşanın köşkünü sardılar. Alemdar, zorbalara teslim olmaktansa, sonuna kadar karşı koymaya karar verdi. İmdadına gelecek yardımdan ümidini kesince, vaktiyle mensup olduğu 42. bölük odabaşını çağırttı. Haremini ocağın namusuna emanet ederek ona teslim etti. Yanında sadece baş haremi ile sadık harem ağası kaldı. Alemdar’ın bulunduğu kuleye, kalabalık bir yeniçeri grubunun hücum etmesi üzerine, daha önce koydurduğu barut fıçısının üzerine tabancası ile ateş etti ve büyük bir patlama oldu. İsyancılardan beş yüz yahut sekiz yüz kişi bir anda havaya uçup öldü. 15 Kasım 1808’de dumandan boğulan Alemdar Paşa ile iki sadık adamının cesedi iki gün sonra enkaz altından çıkarıldı. Cesedi sokaklarda sürüklendikten sonra, Etmeydanı’nda baş aşağı asıldı. Sonra da parçalanmış olan kemikleri, Yedikule dışında bir hendeğe atıldı. 1908’den sonra kurulan Tarih-i Osmani Encümeni tarafından Alemdar’ın kemikleri Gülhane parkı karşısındaki Zeynep Sultan mezarlığına taşıtıldı.