1703’te silahdarlıktan alınıp, kubbe vezirliği ile saraydan uzaklaştırıldı. Önce sadaret kaymakamlığına, Sultan Üçüncü Ahmed’in tahta çıkmasından sonra da Halep valiliğine tayin edildi. Aynı sene dördüncü kubbe vezirliğine tayin olunan Ali Paşa, 1704’te Trablusşam valiliğine getirildi. İki ay sonra tekrar kubbe vezirliğine getirildi. 1705’te Baltacı Mehmed Paşanın sadaretten azli üzerine sadrazam oldu.
Poltava Muharebesinde Ruslara yenilen Demirbaş Şarl’ı desteklemesi ve Osmanlı Devletini harbe sürüklemesi üzerine, sadrazamlıktan azlolundu ve Midilli’ye sürgüne gönderildi (1710). 1711’de burada idam edildi.
Ali Paşa, servetini hayırlı eserlere harcamış olup, cami, çeşme, darülhadis, kütüphane, tekke, imaret, hamam, şadırvan yaptırmıştır. İstanbul Çemberlitaş’taki medresesi çarşı olarak kullanılmaktadır.