Bulgaristan`da doğdu, 93 Harbinden sonra ailesiyle birlikte İstanbul`a geldi. Harp 0kulunu ve harp akademisini bitirdikten sonra 1891`de kurmay yüzbaşı olarak Osmanlı ordusuna katıldı. Balkan Savaşında Çatalca savunmasında ve Edirne`nin geri alınışında görev aldı.
I. Dünya Savaşı başladığında 4. Orduya bağlı 12. kolordu komutanı olarak Musul`da bulunuyordu. 1915`te 4. Ordu komutan vekilliğine getirildi. bu bölgede iken hem tehcire tabi tutulan Ermenileri yerleştirme işiyle uğraştı, hem de Urfa, Zeytun, Musadağı ve Haçin Ermeni isyanlarını bastırdı.
1916`da 4. Ordu komutanı Cemal Paşa tarafından Medine`ye gönderildi. Fahreddin Paşa elindeki kısıtlı imkanlara rağmen aldığı tedbirler sayesinde Medine`yi 2 yıl 7 ay savundu. Herhangi bir yağma ihtimaline karşı tedbir olarak, Medine`deki 30 parça Kutsal Emaneti 2000 askerin koruması altında İstanbul`a gönderdi. Medine`nin etrafı isyancıların eline geçmeye başlayınca İstanbul`daki Hükümet, Medine`nin boşaltılmasını istedi. Fahreddin Paşa `Peygamberin kabrinin bulunduğu Medine`deki Türk Bayrağını kendi elimle indiremem` diyerek şehirden ayrılmayı kabul etmedi.
Bir süre sonra Medine`nin etrafı tamamen kuşatıldı. Türk orduları kuzeye doğru geri çekilmeye başladı. Etrafındaki Türk birlikleriyle irtibatı tamamen kesilen Fahreddin Paşa şehri savunmaya devam etti.
30 Ekim 1918`de Osmanlı Devleti Mondros Mütarekesini imzalayarak I. Dünya Savaşından çekildi. Mütarekenin 16. maddesine göre Fahreddin Paşa`nın teslim olması gerekiyordu. Kendisine Mondros Mütarekesini tebliğ için İstanbul`dan gönderilen yüzbaşıyı hapsettirdi. Medine`ye en yakın Osmanlı birliği 1300 km uzakta olmasına rağmen Mondros Mütarekesinden sonra da teslim olmadı ve şehri savunmaya devam etti. Osmanlı devletinin teslim olmasında sonra 72 gün daha Medine`yi savunmaya devam eden Fahreddin Paşa yiyecek, ilaç ve cephanenin bitmesinden sonra kendi askerleri tarafından etkisiz hale getirildi ve şehir 13 Ocak 1919`da teslim oldu. Böylece Medine`de 400 seneden beri süren Türk hakimiyeti sona erdi.
İngilizler tarafından Türk Kaplanı ismi verilen Fahreddin Paşa, savaş esiri olarak önce Mısır`a daha sonra da Malta`ya gönderildi. 8 Nisan 1921`de Malta`da kurtulduktan sonra Milli Mücadeleye katılmak üzere Ankara`ya geldi. 9 Kasım 1921`de TBMM tarafından Kabil Büyükelçiliğine tayin edildi.
1936`da Tümgeneral rütbesi ile Türk Silahlı Kuvvetlerinden emekliye ayrılan Fahreddin Paşa, 1948`de İstanbul`da vefat etti.