Zoğrafyon okulunun tarihi, Zapyon okulunun ihtiyacı karşılayamadığı ve yeni bir eğitim çatısına gereksinim duyulan 19. yüzyıla dayanır. Taksim`deki Panagia okulunun da 800`den fazla öğrenciye sahip olması sonucu, yeni ve çağdaş bir eğitim kurumunun inşası için para toplanmasına karar verilir. Bu iş için, başta Paris`te yaşayan ve zamanın 10.000 altın lirasını bağışlayan Hristaki Zoğrafos olmak üzere, birçok kişi bağışta bulunur. Cemiyetin 1890`daki genel toplantısında, bir onur göstergesi olarak, okulun adının Zoğrafyon olmasına karar verilir. Mimari yarışmada, mimar Periklis Fotiadis`in önerisi üstün gelir ve bugünkü haliyle okulunun inşası gerçekleşir. 1899 yılında Zoğrafyon ilk mezunlarını verir.
İlk zamanlarda okulda gerçek bir gelişme olur ve 250`den fazla öğrencisi olur. Özellikle, 1955`teki 6-7 Eylül olaylarından ve 1964`teki Yunan kökenlilerin sınırdışı edilmesinden önce, bu okulda eğitim gören öğrencilerin sayısı 350`yi geçer. Günümüzde ise okulun bünyesinde 50-52 kadar öğrenci ve 20`yi bulmayan öğretmen bulunmaktadır.