Sultan Abdülaziz Han; Sadrazam Mütercim Rüşdi Paşa, Serasker Hüseyin Avni Paşa, Şeyhülislam HayrullahEfendi ve Midhat Paşanın gizli çalışmaları neticesinde 30 Mayıs 1876’da tahttan indirildi. Hüseyin Avni Paşanın ayda yüz altın lira maaşla Fer’iyye Sarayına bahçıvan adıyla aldığı Cezayirli Mustafa, Yozgatlı Mustafa Çavuş ve Boyabatlı Hacı Mehmed adlı pehlivanlar tarafından 4 Haziran 1876’da şehit edildi. Fakat intihar süsü verilerek olayın üzerine gidilmedi.
Sultan Beşinci Murad Hanın kısa saltanatından sonra padişah olan Sultan İkinci Abdülhamid Han, amcası Abdülaziz Hanın şehit edilmesiyle ilgili olarak el altından soruşturmaya başladı. Bizzat veya vasıtalı olarak yaptığı soruşturma neticesinde amcasının iddia edildiği gibi intihar etmeyip, suikastle öldürüldüğü kanaatine vardı. Olayın resmi olarak soruşturulmasını istedi. Savcı olarak vazifelendirilen Fındıklılı Mehmed Efendi 1 Nisan 1881’de soruşturmaya başladı. Soruşturma komisyonunda Şuray-ı Devlet Tanzimat Dairesi başkanı Çorluluzade Mahmud Celaleddin Beyle mabeynci Ragıb Bey de vazifelendirildiler. Yapılan soruşturma sırasında sanıklar ve şahitler dinlendi. Soruşturma neticesinde; bahçıvan ve uşak olarak üç kişinin yüzer altın lira aylıkla Abdülaziz Hanın hizmetine tayin olundukları, Abdülaziz Hanın icabında kendisini savunabileceği palasının bir tertiple alındığı, üzerinde daha hayat eseri varken doktorlara odasında muayene ettirilmeden bir pencere perdesine sarılarak alelacele Fer’iyye Karakoluna indirildiği, ölümü hakkında on dokuz doktor tarafından verilmiş raporun yazılı ve açık olmadığı ve bileklerini keserek intihar ettiği söylenen makasın bu yaraları meydana getirilebileceği kaydıyla yetinilerek kapalı ifadede bulunulduğu, Hüseyin Avni Paşanın; “Bu avam cenazesi değildir. Size her tarafını muayene ettirmem.” demek suretiyle tam muayeneye mani olduğu, cenaze görülmeden yalnız Fahri Beyin sözüyle yetinilmek suretiyle şer’i (dini) ilam yazıldığı, Abdülaziz Hanın hizmetine tayin edilen pehlivan Mustafalar ve Hacı Mehmed’in olaydan sonra cüzi bir maaşla emekliye ayrıldıkları halde “Yüksek maaşla memleketlerine gönderilmiştir” diye halka ilan edildiği, Abdülaziz Hana büyük kin besleyen Hüseyin Avni Paşanın olay günü Kuzguncuk’taki yalısından ilk olarak Fer’iyye’ye gelmiş olduğu, Damad Mahmud Celaleddin ve DamadNuri paşaların Beşinci Murad’ın annesinin isteğiyle Abdülaziz Hanı öldürmek üzere emir verdiklerini beyan ettikleri ortaya çıktı. Soruşturma neticesinde hazırlanan raporda Abdülaziz Hanın ölümünün intihar olmayıp suikast sebebiyle olduğu belirtildi.
Sultan İkinci Abdülhamid Han bu raporu Şeyhülislam UryanizadeAhmed Esad Efendi, Dahiliye Nazırı Mahmud Nedim Paşa, Tunuslu HayreddinPaşa ve Şuray-ı Devlet Tanzimat Dairesi başkanı Mahmud Celaleddin Beyden meydana gelen bir komisyona ve Sadrazam, Şeyhülislam, Dahiliye Nazırı ve Hariciye nazırından meydana gelen ikinci bir üst heyete inceletti. Bakanların tam kanaat getirmesi için sanıkların ve şahitlerin Bakanlar Kurulu huzurunda ifadelerinin dinlenmesini de uygun gören Sultan İkinci Abdülhamid Han, bu görüşünü heyete bildirdi. Ayrıca bu işle ilgili görülen Mütercim Rüşdi ve Midhat paşaların da tutuklanarak muhakeme edilmeleri için olağanüstü bir Soruşturma Meclisinin kurulmasını Bakanlar Kurulu (Vekiller Heyeti) üyelerine bildirdi. Bunun için sarayda toplanarak bir karar vermelerini istedi. Sadrazam Said Paşanın başkanlığında toplanan Bakanlar Kurulu (Vekiller Heyeti) meseleyi görüştü. İfadeleri tespit edilmiş olan sanıklar hakkındaki iddianame okundu, faillerden bir kısmı getirtilip Bakanlar Kurulu huzurunda konuşturuldu. Durumu tekrar değerlendiren Bakanlar Kurulu, sanıkların cezalandırılmak üzere evraklarıyla birlikte mahkemeye sevk edilmelerini, Yıldız Sarayı yakınında Malta Karakolunun yanındaki bir çadırda mahkeme kurulmasını, mahkemenin aleni (açık) olması ve seyircilerin Adliye Nazırlığından alınacak davetiye ile mahkeme salonuna girmeleri gibi hususları kararlaştırdı.
Mahkemeye Adliye Nazırlığından alınan davetiye ile girildiği için yabancı muhabirlerin ve kordiplomatiğin hepsine ve sanıkların ailelerine davetiyeler verildi. Türk gazetecileri de mahkemeyi takip ediyorlardı. Sanıkların duruşma ve muhakemeleri temyize bağlı İstinaf Mahkemesinin Cinayet Mahkemesi tarafından yürütülecekti. Bu mahkemenin reisi Ali Süruri Efendi, ikinci reisi de Hristo Forides idi. Mahkeme heyetinin diğer üyeleri, Emin Bey, Hüseyin Hamid Bey, Emin Efendi, Gadban Efendi ve savcı, Latif Bey yardımcıları ise Reşid ve Raif beylerdi. Ayrıca soruşturmayı yapmış olan Fındıklılı Mehmed Efendi ile Hüseyin Şükrü Efendi de bu heyette yer almıştı.
27 Haziran 1881 Pazartesi günü saat 10.00’da başlayan mahkemeye başta Midhat Paşa olmak üzere on bir sanık getirildi. Kalabalık bir dinleyici kitlesinin takip ettiği sabah oturumunda savcının iddianamesi okundu. Sanıklar veya avukatları ile şahitler dinlendi.
Reis Süruri Efendi şahitlere sanıkların itirazlarını dinlettikten sonra, sanık avukatlarının savunmaları ve sanıkların savunmaları dinlendi. 29 Haziran Çarşamba günü saat 11.00’de reis Süruri Efendi; “Bugün mahkeme, müdde-i umumi (savcı) beyle müdafileri dinledikten ve yeniden müşaverede bulunduktan sonra hak edilen cezaların miktarını açıklayan hükmünü beyan edecektir. Söz savcınındır” dedikten sonra duruşmayı açtı. Savcı sanıklar hakkında Ceza Kanununun ilgili maddelerinin tatbikini taleb etti. Sonra söz alan sanık avukatları müvekkillerini savundular. Bundan sonra hakimler yarım saat çekildiler. Bu müddet sonunda reis Süruri Efendi verilen cezaları bizzat okumaya başladı.
Karara göre; Abdülaziz Han tahttan indirildikten sonra kaldığı Fer’iyye Sarayının bahçıvan ve bekçileri Pehlivan Mustafa, Cezayirli Pehlivan Mustafa ve Boyabatlı Pehlivan Hacı Mehmed ile Mabeynci Fahri Bey, Ali Bey, Necib Bey, Damad Mahmud Celaleddin Paşa ve Damad Nuri Paşa idama, Seyyid Bey ve İzzet Bey onar sene hapse mahkum edildiler. Cinayete ortak olduğu anlaşılan, fakat cezası tespit edilmemiş olan Midhat Paşa da kendisini savundu. Mahkeme heyeti karar için çekildi. İkinci reis Hristo Forides tekrar celseyi açarak, Midhat Paşanın da idama mahkum edildiğini, temyiz yolunun açık olduğunu, itiraz için sekiz gün mühlet verildiğini açıkladı.
Abdülaziz Hanın öldürülmesinde eli bulunanlardan Hüseyin Avni ve Kayserili Ahmed Paşalar mahkemeden önce öldükleri için haklarında işlem yapılmadı. Midhat Paşa 6 Temmuz 1881’de temyize başvurdu. Temyiz Mahkemesi Midhat Paşanın itirazını görüşerek taleplerinin reddine karar verdi. Mahmud Celaleddin ve Nuri Paşaların cezalarının hafifletilmesinin kararı ile Temyiz Ceza Dairesinin tasdikine ait iki ilam Adliye Nezaretine gönderildi. Adliye Nazırı Ahmed Cevdet Paşa ve başvekil ünvanıyla Sadrazam olan Küçük Said Paşa da ilamları göndererek Vekiller Heyetinde görüşülmesini istedi. Vekiller Heyeti toplanarak felaketlerin kaynağının Abdülaziz Hanın tahttan indirilmesi olduğunu, ayrıca mahkeme kararlarını değiştirmeye selahiyet ve lüzum olmadığını, cezaların affı veya hafifletilmesinin Kanun-i Esasiye göre padişahın yetkisi dahilinde olduğunu belirtti. Sultan İkinci Abdülhamid Han, bakanlar dışında birçok devlet adamının katılmasıyla bir heyet toplayarak mahkeme kararlarının aynen tatbiki veya değiştirilmesi hakkında tek tek tekliflerinin bildirilmesini istedi. 9 Temmuz günü Yıldız Sarayında eski sadrazamlardan Safvet Paşanın başkanlığında toplanan 25 kişilik heyetten 15 kişi kararların aynen uygulanmasını, 10 kişi ise cezaların hafifletilmesini istedi. Sultan İkinci Abdülhamid Han, heyet üyelerinin yazılı mütalaalarını tek tek inceledikten sonra kendi yetkisine dayanarak idam cezalarının hepsini ömür boyu hapse çevirdi. Sivil ve askeri rütbelerini, nişanlarını ve madalyalarını kaybeden mahkumların on birinin de cezalarını Hicaz eyaletindeki Taif Kalesinde çekmeleri kararlaştarıldı. Mahkumlar cezalarını çekmek üzere Taif’e gönderildi. Böylece Osmanlı tarihinde karanlıkta bırakılmak istenen bir cinayet de aydınlığa kavuşturuldu.