1995 yılında Aydın İl Kültür Müdürü Özgen Karaca Başkanlığındaki Aydın Valiliği Kültür Komisyonu, Milli Mücadelede işgalci güçlere karşı silahlı direnişin Aydın`daki önderi Yörük Ali Efe`nin evinin restore edilip, Müze Ev olarak yeniden yaşama geçirilmesini ve gelecek kuşaklara aktarılmasını önermiştir. Bu öneri de Aydın Valiliği`nce Kültür Bakanlığı`na sunulmuştur.
Yörük Ali Efe`nin mirasçıları adına Kayhan Kavas`dan projenin gerçekleştirilmesi durumunda, söz konusu taşınmazın Kültür Bakanlığı`na bağışlanacağı sözü alınmış, 1997 yılında Evin Müze olarak kullanılmasına ilişkin Kültür Bakanlığı ve varisler arasında bir protokol yapılmıştır. Taşınmazın Kültür Bakanlığı`na tahsis işlemleri 1999 yılında gerçekleştirilmiştir. İzmir Rölöve ve Anıtlar Müdürlüğü rölöve, yeniden tasarımlama ve yenileme projelerini hazırlamış, tescil karar taşınmaza ait bu projeler İzmir 2 No`lu Kültür ve Tabiat Varlıkların Korunma Kurulu tarafından onanmıştır. 1999 yılı birim fiyatlarına göre yaklaşık 94 milyar TL 1.Keşif bedelli restorasyon işinin Aydın İli Ören yerleri gelirleri ile yaptırılması Bakanlıkça emredilmiş, 13.12.1999 tarihinde 1999-2000 yıllarına sari olarak Aydın Valiliği İl Daimi Encümenince ihale edilmiştir. Bu arada Yörük Ali Efe Evi bütününden daha önce ayrılan 7 parsel nolu taşınmaz da kamulaştırılarak bahçeye dahil edilmiş, sonradan yapılan bina ve sundurmalar yıkılarak bahçe eski özgün haline dönüştürülmüştür.
Bu iş kapsamında harap durumda olan bina ve bahçenin tamamı temizlenmiştir. Daha sonra temelden itibaren aslına uygun hazırlanan yenileme projesi ve restorasyon ilkeleri çerçevesinde bina yeniden yapılmıştır. Bahçede gişe, bekçi odası ve ziyaretçilere hizmet verecek tuvaletleri bulunduran ikinci bir yapı gerçekleştirilmiş, sığınak onarılmıştır. Eski bademlik evi olarak bilinen müştemilat binası da onarılıp kır kahvesine dönüştürülerek ziyaretçilere hizmet amacı güdülmüştür. Bir bölümü yıkılan bahçe duvarları onarılmış, yeniden yapılmış, bahçe tanzimi tamamlanmıştır. Yenipazar mezarlığında bulunan Merhum Yörük Ali Efe`nin mezarı ise Bakanlar Kurulu`nun 29.08.2000 tarih ve 2000/1252 sayılı kararları ile Müze Bahçesine nakledilmiştir.
Evin restorasyon çalışmalarının tamamlanmasından sonra Varislerine çağrı yapılarak Yörük Ali Efe`nin özel eşyalarının derlenmesine katkıda bulunmaları istenmiş, Aydın Müzesi Eser Kıymet Takdir Komisyonunca eser derlenerek tefriş ve donanım çalışmaları yapılmıştır. Kültür Bakanlığınca Prof. Dr. Tankut Öktem`e yaptırılan Yörük Ali Efe`nin heykeli de bahçedeki yerine konuşlandırılmıştır.
Yörük Ali Efe Evi Müzesi 8 Haziran 2001 tarihinde ziyarete açılmıştır.
