Yeşil Cami, ters T planlı camiler grubuna girer. (Bazı kaynaklarda buna Zaviyeli Camiler ya da Bursa tipi denebilir.)
Kuzey cephesinde son cemaat yeri yoktur. (Çelebi Mehmet`in ani ölümü üzerine yapılamadan kalmıştır.) Bu cephedeki büyük ana kapıdan 2.30 metrelik dar ve karanlık bir koridora girilir. Koridorun gerisinde Bizans başlıklı ikişer sütun bulunur. Bu koridor, doğu ve batı ucunda üstü tonoz örtülü yan odalara açılır.
Alçak bir girişten sonra orta mekana gelinir. Bu mekandaki 13metre çapında, 25 metre yüksekliğindedir ve mihrap önü kubbesine Bursa kemeri ile bağlıdır. Caminin iç mekanındaki tezniyat bütünü ile uyum içinde ve göz kamaştırıcıdır.
Müezzin mahfili, Bursa kemerlerinin üstüne kadar çini ile kaplanmıştır ve hünkar mahfili muhteşem çini dekorasyona sahiptir. Korkuluğu ayrıca bir çini harikasıdır.
Mihrap eyvanının doğu ve batı pencerelerinin üstünde duvara yazılmış eş iki yazı vardır. Daire biçiminde olan bu yazılardan biri kırmızı, diğeri yeşil olup, birinin içinde Ahmet Vefik Paşa`nın adı geçmektedir.
Yüksekliği 10.65 metre olan mihrap, çinilerin en güzel olduğu kısımdır. Mihrabın dış çevresindeki kufi ve sülüs karışımı yazı dikkate değerdir.
Kuzeybatı ve kuzeydoğu köşelerindeki minareler yenidir.